A legtöbb forrás szerint a joghurt a közép ázsiai régióban terjedt el először, eredetét a gasztronómia története során gyakorta szerepet játszó ún. „szerencsés véletlen” faktorral szokás magyarázni. A népszerű elképzelések szerint – amelyek, mivel alapvetően neolitikum kori felfedezésről beszélünk, népszerű elképzelések is maradnak – a joghurt fermentációját elősegítő baktériumtörzsek valamilyen állat beléből kerülhettek a tejbe. Sok helyen ugyanis állatok kikészített belső szerveit használták tárolásra, és az abban esetlegesen megtapadó bacilusok indíthatták be a fermentációt.
Egy másik elmélet szerint a leölt, előzőleg tejet fogyasztó állat gyomrában végbemenő változásokat látta meg a neolitikus ember.
Nem ennyire tudományos elképzelés, de pontosan ugyanennyi alapja van annak, hogy egy Közép-Ázsiai nomád fedezte föl az italt, amikor a kecskebőrben szállított teje állt össze joghurttá.
Joghurt és kefír
A török yoğurt, szó lehet a kifejezés eredete, ami pedig a yoğurmak –kal áll kapcsolatban. Utóbbi dagasztást jelent, feltehetően az ital (tejnél sűrűbb) állagával áll kapcsolatban az elnevezés. A joghurt a tej spontán erjedésének végeredménye: a Lactobacillus Bulgaricus e Streptococcus Thermophilus baktérium által végrehajtott erjesztés során a tejben levő tejcukor tejsavvá alakul, ami aztán a tejfehérjével lép reakcióbaA joghurt nagy diadalmenete 1919-ben kezdődött, Isaac Carasso ekkor oldotta meg – a történelem során először – a joghurt hatékony nagyipari gyártását és csomagolását. A barcelonai üzletet fia után kis Daninak, Danone-nak nevezte el. A gyümölcsös joghurtot, pontosabban a gyümölcslekvárral elkevert joghurtot mégsem ő, hanem egy cseh cég, a Radlická Mlékárna vezette be a piacra, és szabadalmaztatta 1933-ban. Az ízesített joghurtnak azóta két fajtája honosodott meg: a svájci stílusú gyümölcsjoghurtnál a gyümölcsöt belekeverik a joghurtba. A másik a rétegzett stílusú, ennél a natúr joghurt alatt és/vagy felett külön gyümölcsréteg van.
Amerikában a múlt század elején John Harvey Kellogg úr terjesztette el.
Az egészségmegszállott Kellogg sajátos orvosi érdeklődésének köszönhetően az orális fogyasztás mellett beöntésként is nagy szeretetettel alkalmazták a szanatóriumába látogató unatkozó és elhanyagolt háziasszonyokon.