Egyes források azt mondják, hogy a perzsáktól származik, míg mások azonban meg vannak győződve arról, hogy a marcipán feltalálása Észtországhoz, Tallinn városához köthető.
Megint mások viszont azt állítják, hogy Lübeckben, Németországban találták fel a híres cukrászati készítményt.
Persze az olaszoknak és a franciáknak is megvan a maguk története. Olaszországban például állítólag egy rendkívül rossz szüret alkalmával az egyetlen megmaradt termés a mandula volt. Ekkor kezdték el a kenyereikhez és a pizzatésztához hozzáadni.
A marcipán eredetileg gyógyhatású készítmény volt, és csak a patikában lehetett kapni. Az árlistán a következőképp szerepelt: Panis Martius (vagy Marti Panis).
Ám ebben az esetben is létezik egy másik legenda róla. Az európai pestisjárvány idején olyan élelmiszereket akartak kitalálni, amelyek sokáig eltarthatók. Egy milánói pék olajos magvakból és mézből készített pogácsát, amelyet panis martiusnak nevezett el.
Az észtek története szerint egy Mart nevű gyógyszerészről kapta a nevét. Egyszer Rathmann Kalle, a városi tanács egyik tagja megbetegedett. Johan mester megígérte neki, hogy készít egy csodás orvosságot, amelynek neve: mitridatsium.
Ám sajnos Johan mester is gyengélkedett, és folyton tüsszentett. Így helyette Mart készítette el a gyógyszert, amelyhez néhány új összetevőt is hozzáadott, hogy finomabb legyen. Rathmann végül elégedett volt a gyógyszerrel, amely valóban meggyógyította a gyomrát. Ő nevezte el Mart kenyerének.
Azt azonban tudni kell, hogy a cukor miatt csak a legtehetősebbek engedhették meg maguknak, hogy a székrekedés és felfúvódás ellen marcipánt fogyasszanak.
Vagyis megállapíthatjuk: az abszolút igazságot homály fedi. Annyi azonban bizonyos, hogy a marcipánkészítés a 18. században került a cukrászat kezébe.
A valódi, jó minőségű marcipánt a mandula és a cukor aránya határozza meg:
minél nagyobb a mandula aránya, annál jobb és drágább a marcipán.
Rugalmassága miatt figurákat készítenek belőle, illetve cukrászsütemények és torták díszítésére használják. A figurákat ehető ételszínezékkel festik be, esetleg mázzal vagy csokoládéval borítják.