A margarin ellen egyik leggyakrabban felhozott tipikus érv, hogy tele van a szív- és érrendszer egészségére ártalmas transzzsírsavakkal. Magyarországon – a legtöbb európai országot jócskán megelőzve – több mint fél évtizede bevezették azt a szigorú transzzsírsav-rendeletet,
amelynek értelmében kizárólag rendkívül alacsony, 2g transzzsírsav/100g zsírtartalom határérték alatti élelmiszerek árusíthatók.
Ez nem minden, hiszen ez év áprilisától az EU teljes területén hasonló szabályozás lépett életbe. Ettől függetlenül fontos észben tartani, hogy a transzzsírsavakat a normál étkezésből teljesen nem lehet kiiktatni, mert a hétköznapi sütés-főzés közben is keletkezhetnek, és még a hidegen sajtolt olívaolajban is megtalálhatóak - igaz, csupán elenyésző mennyiségben.
Az előző pontban említett transzzsírsavak nagy mennyiségben a növényi olajok részleges hidrogénezése, azaz keményítése során keletkeznek. Régen valóban tartalmaztak ilyen keményített növényi olajokat a margarinok, azonban e termékek kenhetőségét már hosszú ideje nem ezek az összetevők,
hanem a szobahőmérsékleten is szilárd növényi zsírok, például kókusz- vagy pálmazsír biztosítják.
Ha tehát valaki azért nem fogyaszt margarint, mert tart a hidrogénezett olajoktól és a transzzsíroktól, az olyan, mint ha a gőzmozdonyok sűrű fekete füstjétől és a kipattanó szikráktól félve kerülné a vonatutazásokat.
Tudományosnak látszó érv a margarinnal szemben, hogy kémiai szempontból hasonló szerkezetű molekulaláncokból áll, mint a műanyagok - ez persze valójában nem jelenti azt, hogy köze lenne hozzájuk.
Ahogy ránézésre a víz képlete szinte ugyanaz, mint a hidrogén-peroxidé, úgy bármely, hasonló atomokból, ám eltérő struktúrában felépülő anyaggal kapcsolatban ki lehet jelenteni, hogy csak egy hajszál választja el egy mérgező vagy csak teljesen más tulajdonságú vegyülettől.
Ráadásul hogyan lehetne a margarin műélelmiszer, amikor a legfőbb alkotóelemei a teljesen hétköznapi, természetes növényi olajok - jellemzően repce-, lenmag- és napraforgóolaj – és az ivóvíz? Ez az állítás könnyen ellenőrizhető: elég csak megnézni a margarinok dobozán az összetevők listáját.
A jó minőségű margarinokat alkotó repce- és lenolaj természetes módon tartalmazza a szervezetünk számára hasznos E-vitamint és omega-3 zsírsavakat, a napraforgóolaj pedig szintén kimagasló E-vitamin-, valamint omega-6 zsírsav tartalma miatt számít kedvező alapanyagnak. Ezek értékes összetevők a kíméletes előállítás folyamán is megmaradnak, hiszen a margaringyártás alapvetően az összetevők hűtés közbeni keverését jelenti.
Mivel a margarin alapvetően növényi alapú élelmiszer, kiválóan beilleszthető a flexitáriánus, vegetáriánus és – egyes termékváltozatok esetében – akár a vegán étrendbe is, ráadásul előállításának környezeti lábnyoma kisebb, mint az állati eredetű alternatíváké.
Ha például a tehéntejből készült vajjal hasonlítjuk össze, a növényi olajokból előállított margarinok karbonlábnyoma 70 százalékkal kisebb.
Az alapanyagok termesztéséhez szükséges földterület mindössze egyharmada a vaj előállítása során (állattartás, takarmánytermesztés) igénybe vett területnek és csupán feleakkora vízfelhasználással jár, tehát környezetvédelmi szempontból is kedvező választást jelent.