A 3 terabájtos lemezt nem lesz egyszerű használni régebbi rendszerekben, és még az újabbakkal is akadhatnak problémák. A merevlemezeket a szoftverek 512 bájtos szektorokra osztják fel a nyolcvanas évek óta. Ezzel a mérettel viszont csak 2.1 terabájtos lemezeket tudnak kezelni a számítógépek, a nagyobb winchesterek kezeléséhez olyan modern operációs rendszer kell - Vista, Windows 7 - ami nagyobb szektormérettel is tud mit kezdeni.
Az újdonságnak számító óriási lemeznek az sem mindegy, milyen alaplap próbálja kezelni. A bootlásnál használt lemezterületet (MBR) egy olyan szabvány szerint kell megalkotni, amit a legtöbb alaplap még nem ismer.
A problémák és inkompatibilitások miatt az otthoni felhasználók egyelőre jobban járnak, ha a legnagyobb kezelhető méretű lemezekből - például másfél terabájtosból - szerelnek kettőt a számítógépükbe.