A reproduktív (szaporodási célú) klónozás első kritikus lépése az az időszak, amikor a létrejövő hólyagcsíra (a kb. száz sejtből álló, 5-7 napos sejthalmaz) beágyazódik a méh falába. A legtöbb klónozott embrió ezen a ponton vérzik el - a nemrég elpusztult Dolly létrehozása során például a 277 embrióból mindössze 29 jutott túl ezen a kritikus szakaszon.
Rudolf Jaenisch és kollégái (Whitehead Institute, Cambridge, USA) kutatásaik során megállapították, hogy 70-80 olyan gén, amely a természetesen fogant egérembriókban normálisan működik, kevésbé aktív vagy teljesen elhallgat (illetve be sem kapcsol) a felnőtt sejtből klónozott embriók esetében.
Egyelőre nem világos, hogy pontosan mi ezeknek a géneknek a szerepe, de tény, hogy normális esetben akkor aktivizálódnak, amikor az Oct4 jelzésű, az embrionális fejlődés szempontjából igen fontos gén is bekapcsol. Az Oct4 teszi lehetővé, hogy a fejlődő embrióban létrejöjjenek az embrionális őssejtek, amelyekből aztán minden sejttípus kialakul. Valószínű, hogy a Jaenisch és csoportja által azonosított gének közül számos hasonló szerepet tölt be.
A következő kulcsfontosságú lépés, hogy kiderítsék: mi hallgattatja el ezeket a géneket. Ez minden bizonnyal alapvetően fontos lesz a klónozás ma még kevéssé ismert biológiai hátterének felderítésében. Sőt mi több, közelebb juthatunk a rák kialakulásának megértéséhez is - a tumorsejtekben ugyanis a most azonosított génekből jó pár működik, holott kifejlett sejtekben már ki kellene kapcsolniuk.
Az új ismeretek fontosak lehetnek a terápiás klónozás szempontjából is, amelynek célja embriók klónozása, s 14 napos kor előtt belőlük az őssejtek kinyerése gyógyászati célú kísérletekhez.
Mindez azonban nem jelenti azt, hogy a fenti problémák megoldása után a reproduktív klónozás veszélytelen vállalkozássá válna: a fejlődés későbbi stádiumaiban is számos veszély leselkedik a klónokra, s genetikai szempontból sem számítanak teljes értékűnek. A fent említett 29 embrióból 28 elpusztult Dolly születése előtt.