Az emberi nem ilyen kicsiny képviselővel való bővülése evolúciós kérdéseket vet fel. Elsősorban az agykutatók vannak gondban: a 380 cm3-es agytérfogat a csimpánzokénak felel meg. Vannak, akik kételkednek abban, hogy ennek az apróságnak az értelmi képességei meghaladták a csimpánzokét. A lelet fölfedezői vitatják ezt, mert Floresen finom kőszerszámokat, pengéket, nyílhegyeket találtak. Ezek olyanok, hogy inkább a Homo sapiensre, mint a Homo erectusra utalnak. Csakhogy abból a korszakból, amikor a törpeszerű lény a szegeteket lakta, minden modern emberi csontlelet hiányzik. Ennek ellenére több mint bizonytalan, hogy a talált kőeszközök valóban a floresi embernek tulajdoníthatóak. Egyetlen felfedezett csontváz túlságosan kevés ahhoz, hogy új emberfajt kreáljunk. Meg kell várnunk legalább még egy hasonló leletet.
A floresi lelet azonban újra megindíthatja azt a régi vitát, hogy puszta véletlen-e a mai ember átlagosan 170-180 cm-es magassága. A kérdés elsősorban úgy merül fel, hogy a mienknél sokkal kisebb aggyal éppen olyan jól lehet-e gondolkozni. A modern embernél 800 cm3 agytérfogat abszolút alsó határnak számít. Lehet-e 380 cm3-es aggyal úgy emlékezni, tervezni, elképzelni és gondolkozni, ahogy mi vagyunk képesek?
Az 1 méteres magasság az ember genetikai lehetőségeinek határain belül van. A rekord 60 cm és 2,5 méter között van, de a Homo sapiens magassága 1,6-1,8 méter között optimalizálódott. A biológusok és antropológusok csak találgatni tudják, hogy egy faj miért akkora, amekkora. Egy biztos: a korai Homo erectus már 1,8 millió évvel ezelőtt, Afrikában elérte a "modern", 1,8 méteres magasságot. A régebbi Australopithecus csak 1,5 méter magas volt.
Már a floresi lelet előtt ismert volt, hogy az emlősök méretei bizonyos környezeti feltételek között jelentősen csökkenhetnek. A jégkorszakban, néhány tízezer évvel ezelőtt Máltán, Szicíliában, Cipruson nyüzsögtek a mindössze 90 centiméteres törpeelefántok, amelyek csupán 5000 év alatt fejlődtek ki négyméteres elődeikből. Hasonló miniatürizálódás következett be a vízilovaknál, szarvasoknál és kecskéknél is. Egy sziget korlátozott tartalékai esetén könnyen belátható ennek a stratégiának az előnye: a kis igényű egyedek előnyben vannak a nagy igényűekkel szemben.
Az ilyen biológiailag normális eltörpülést kivételessé teszi a floresi lelet ananász méretű agya. Az evolúció folyamán ugyanis az ember agyának térfogata állandóan növekedett. A felegyenesedve való járást 6-4 millió évvel ezelőtt "feltaláló" Australopithecus és Ardipithecus agytérfogata 500 cm3 volt, a Homo erectusé 736-1260 cm3, a Homo sapiensé pedig többnyire 1300 és 1450 cm3 között van. Szélsőséges értékként - anélkül, hogy kóros lenne - 1000 és 1800 cm3-es agy is előfordul.
Mindenesetre föl kell adnunk azt a babonát, hogy a nagyobb agy nagyobb intelligenciával jár. A mi 1-2 kg-os agyunk súlyát messze fölülmúlja az elefántok 5 kg-os agya, nekik ugyanis hatalmas testük vezérléséhez több neuronra van szükségük. 1897-ben Eugene Dubois megállapította, hogy az emlősök agyának mérete testsúlyuknál lassabban növekszik és erre egy formulát is talált. A főemlősöknél azonban ettől erős eltérés tapasztalható: több van a fejünkben, mint amennyi a testünkhöz képest szükségesnek látszik. A fölösleges agytömeget nem köti le az emlős testének "üzemeltetése", így másra, például gondolkodásra használható. A Dubois-képlettől való eltérés jellemzésére vezette be a hetvenes években Harry J. Jerison az enkefalizációs hányadost, az EQ-t. Ez a "szellemi luxus" mértéke és megadja a szükségesnél nagyobb agytömeget. A Homo sapiensnél az EQ 7, a csimpánzoknál 2, a Homo erectusnál 3,3-4,4, a Homo floresiensisnél (becsült testsúly alapján) 2,5-4,4. Ekkora EQ-val miért ne készíthetett volna jó kőszerszámokat?
Az agy teljesítménye szempontjából a szürkeagykéregben levő sejtek és a köztük levő kapcsolatok (szinapszisok) száma a döntő. Goethe koponyájának térfogata jóval az átlag fölötti, 1550 cm3 volt, az irodalmi Nobel-díjas Anatole France-é viszont csak 1000 cm3.