A mai Aboukir-öböl egykori városa, Thonis vagy görög nevén Héraklion kulcsfontosságú eleme volt a Földközi-tengeren zajló egyiptomi kereskedelmnek az egyiptomi későkorban (Kr.e. 664- Kr.e. 332). Vallási szempontból is jelentős településnek számított, Ámon isten itt található temploma ugyanis fontos szerepet játszott a dinasztiák folytonosságával kapcsolatos rítusokban.
A települést a Kr.e. 8. század környékén alapíthatták, és Kr.u. 8. században nyelhette el a Földközi-tenger. 2000-es felfedezése előtt nem sok nyoma volt, csupán néhány ősi szövegben említették a létezését. Hérodotosz többször írt például Héraklionról: hogy micsoda hatalmas templom állt itt, mikor Héraklész először Egyiptomba érkezett, és hogy Heléna is ellátogatott ide Parisszal a trójai háború előtt.
A város első nyomaira a mai egyiptomi partoktól 6,5 kilométerre bukkantak az európai vízalatti archeológiai intézet (IEASM) kutatói 2000-ben, és az Egyiptomi Régiségek Főtanácsával együttműködve feltérképezték és feltárták a város megmaradt részeit. Franck Goddio vezetésével megtalálák Ámon és fia, Honszu templomát és az egykor oly jelentős, hajómaradványokkal teli kikötőt is. A feltárt kolosszális szobrok, a hatalmas építmények, az ékszerek és érmék, valamint a kerámiák mind egy virágzó városról árulkodnak.
Héraklion elsüllyedését egyszerre vagy egymás után bekövetkező természeti katasztrófák, illetve a tengerszint emelkedése okozhatták. A washingtoni Smithsonian Intézet és a Stanford Egyetem bevonásával zajlott geoarcheológiai elemzések néhol az agyagos talaj elfolyósodására utalnak, főleg az Aboukir-öbölben. Ezt a jelenséget a hatalmas épületek miatt a talajra nehezedő nyomás okozhatta. Hasonló következményei lehetnek egy földrengésnek is, a város eltűnéséről szóló történeti leírások pedig egyaránt beszámolnak földmozgásokról és nagy árhullámokról is. Ezek alapján tehát valószínűleg az említett hatások együttesen járultak hozzá a süllyedéshez.
Az elsüllyedt városról dokumentumfilmet is készítettek, melyet május 11-én a francia-német Arte televízió mutatott be. A filmben 3D-s animációknak köszönhetően megelevenedik a város, és ismét a felszínre kerülnek az ősi épületek, templomok, hajók és a csatornarendszerek. A munka vége azonban még messze van, Goddio szerint még 200 évig kellene folytatni a kutatásokat, hogy teljesen feltárják és megértsék a várost.
3D-s animáció a városról