1526. augusztus 29-én délután a Mohács melletti síkon lezajlott ütközetben súlyos katonai vereség érte II. Lajos magyar király hadait. A törököktől elszenvedett vereség megrendítő volt;
az alig húszéves Lajos király menekülés közben a heves délutáni zivatartól megáradt Csele-patakba fulladt,
elesett mindkét fővezér, Tomori Pál kalocsai érsek, valamint Szapolyai György gróf, életét vesztette továbbá Szalkai György esztergomi érsek, öt másik püspök, 16 zászlós- és öt főúr.
A húszezer fős királyi seregből tízezer gyalogos és négyezer lovas katona holtteste borította a vérben ázó csatateret.
Magyarország igazi tragédiáját azonban nem ez a valóban súlyos csatavesztés,
hanem az ekkor kezdődő és az ország három részre szakadását eredményező, tizenöt évig tartó széthúzás, a kettős királyság időszaka jelentette. Szulejmán és győztes nagyvezíre, Pargali Ibrahim pasa a mohácsi ütközet után két héttel bevonultak az elmenekült királyi udvar által hátrahagyott Budára.
A hat éve trónon ülő Szulejmán, az Oszmán Birodalom fiatal szultánja és az iszlám kalifája ekkor járt először „Budunban" a magyar királyok messze földön híres székvárosában. A padisah néhány napig Buda falai között időzött, majd hadaival felkerekedett, és október derekán elhagyta az országot.
Az ország tehát 1526 őszén, a súlyos mohácsi csatavesztés ellenére még szabad volt. II. Lajost – miután hosszas keresés után sikerült megtalálni az ifjú uralkodó holttestét a csatatéren – 1526. október végén a magyar királyok ősi temetkezési helyén, Székesfehérváron helyezték örök nyugalomra.
II. Lajos halálával a megüresedett trón az 1515-ben megkötött Habsburg–Jagelló-szerződés értelmében Habsburg Ferdinánd főherceget, az özvegy királyné, valamint a korabeli Európa leghatalmasabb uralkodója, V. Károly spanyol király és német-római császár öccsét illette volna meg. A magyar rendek Habsburg-ellenes szárnya azonban az 1505-ös rákosi végzés szellemében nemzeti királyt kívánt a trónra ültetni.
Az 1526. november elején Székesfehérvárra összehívott országgyűlés Szapolyai János grófot, erdélyi vajdát annak rendje és módja szerint királlyá választotta, és megkoronázta Szent István koronájával.
Talán másképp alakult volna az ország sorsa, ha Ferdinánd belenyugszik I. János királlyá választásába.
Ferdinándnak, a nagy hatalmú bátyja árnyékában élő fiatal osztrák főhercegnek azonban esze ágában sem volt lemondani a trónról.
Ferdinándot a Szapolyai-ellenes szárny támogatásával 1526 decemberében Pozsonyban – részben azoknak az uraknak a szavazatával, akik alig egy hónappal korábban még Jánost éljenezték meg harsányan Székesfehérváron – királlyá választották. Az elkövetkező évek a két király egymással folytatott hadakozásával teltek el, miközben egyre fenyegetőbb árnyat vetett az országra az oszmán félhold.
Ferdinándnak 1528-ban sikerült kiszorítania Jánost a Magyar Királyság területéről, aki szégyenszemre kénytelen volt királyi sógorához menekülni Lengyelországba. Ha ekkor Ferdinánd képes lett volna megtartani saját jogara alatt az országot, talán még minden jóra fordulhatott volna.
Azonban János sem akart beletörődni a hatalma elvesztésébe,
ezért a Habsburgok leghatalmasabb ellenfelétől, Szulejmán szultántól kért támogatást. Az országát átmenetileg elvesztett magyar király által felajánlott szövetséget a hadaival éppen Bécs alá vonuló Szulejmán mohácsi csatatéren felállított sátrában pecsételték meg, 1529. július 19-én.
I. János e szövetséggel az Oszmán Birodalom vazallusává vált, de a törökök támogatásával visszaszerezhette az ország egy részét.
A törökök Bécs alatt elszenvedett kudarca azonban felbátorította Ferdinándot, aki 1530-ban Buda bevételére küldte csapatait,
hogy kiverje onnan az uralkodói jogaiba visszahelyezett riválisát.
A Wilhelm von Roggendorf parancsnoksága alatt álló Habsburg-hadaknak nem sikerült bevenniük Budát, amely így János kezén maradt. A Ferdinánddal vívott hadakozásokból okulva Fráter (Martinuzzi) György váradi püspök, János király bizalmasa 1534-ben komoly erődítési munkálatokba fogott, új bástyákat építtetett, illetve megerősítette a falakat.
A Habsburg-ellenkirállyal vívott meddő csatározásoktól megfáradt János, nem kis részben Fráter György tanácsára, kiegyezést keresett Ferdinánddal. Hosszas diplomáciai tárgyalások után, az 1538 februárjában titokban megkötött váradi békében János – halála esetére – lemondott a koronáról Ferdinánd javára. A békeszerződésben arról is rendelkeztek, hogy ha Jánosnak mégis születne gyermeke, akkor őt német birodalmi hercegséggel kell kárpótolni. A kiegyezést azonban sem Ferdinánd, sem pedig János nem vette komolyan.
Alighogy megszáradt a tinta a békeszerződésen,
Ferdinánd követeket küldött Szulejmánhoz Isztambulba, hogy beárulja Jánost.
János sem volt rest, és 1539 októberében Isztambulba küldte követét, Laszky Jeromost a szultán megbékítésére. Ferdinánd ismét hoppon maradt célt tévesztett árulkodásával, mivel a padisah megbocsátotta János „botlását", és nem mozdította el a hatalomból. A hosszú ideig gyermektelen Jánosnak azonban 1540. július 7-én fia született Jagelló Izabellától.
Az ekkor már 53 éves uralkodó a jó hír hallatán megváltoztatta végrendeletét,
és meghagyta Fráter Györgynek, hogy a váradi béke mellőzésével gondoskodjon arról, hogy fiát, János Zsigmondot királlyá válasszák. Azt is megparancsolta hívének, hogy ne adja át az országot Ferdinándnak, és tartsa fenn a portával megkötött szövetséget.
János alig két héttel gyermeke megszületése után, 1540. július 21-én hirtelen meghalt.
Fráter György megtartva urának tett ígéretét, azonnal hozzálátott János Zsigmond királlyá választásának előkészítéséhez.
Ferdinándot váratlanul érte a kedvezőtlen hír. János halálhíre után először Isztambulban próbálta elismertetni trónigényét, Fráter György azonban megelőzte, és a rákosi országgyűlésen sietve királlyá választatta a csecsemő János Zsigmondot. Szulejmán pedig megüzente Ferdinándnak, hogy János fiát tekinti törvényes magyar uralkodónak.
Ferdinánd ekkor elhatározta, hogy kész helyzetet teremt, és Buda elfoglalásával, továbbá Izabella, illetve a csecsemő király elűzésével fog érvényt szerezni a váradi békének.
Ferdinándnak a regensburgi birodalmi gyűlés támogatásával sikerült 28 ezer fős hadsereget kiállítania,
amelynek élére – élénk tiltakozása ellenére – Wilhelm von Roggendorf grófot nevezte ki. Az idős tábornok emlékeiben még elevenen élt az 1530-as ostrom keserű kudarca, ám kénytelen volt meghajolni az uralkodó akarata előtt.
A hadműveletek 1541 áprilisában kezdődtek. Ifjabb Niklas von Salm gróf alsó-ausztriai hadtestének az volt a feladata, hogy elszigetelje Budát és biztosítsa az ostromra gyülekező fősereg felvonulását. Von Salm csapatai egészen Tokajig megszállták a stratégiai fontosságú pontokat, az osztrák hadvezér Buda térségében pedig 50 naszáddal biztosította Duna folyamszakaszát.
Von Roggendorf hadserege, amely 12 ezer osztrák és cseh gyalogosból, 6800 német, és Perényi Péter vezetése alatt 8000 magyar lovasból állt, május 3-án vert tábort Óbuda térségében.
Az idős főparancsnokot kellemetlen meglepetésként érte a budai vár 1534-ben történt megerősítése.
Szemben az 1530-as ostrommal, amikor az összes löveget a Gellért-hegyen helyeztette el, az ágyúkat most közelebb és több, egymástól távolabbi állásban állítatta fel.
A várban György barát irányította védelmet, aki az ostrom május 4-ei kezdetekor 2400 magyar és szerb vitéznek parancsolhatott.
Izabella ellenezte Buda védelmét, és arra akarta rávenni Fráter Györgyöt, hogy adja fel a várat Ferdinándnak.
A királyné titokban igyekezett felvenni Von Roggendorffal a kapcsolatot, ám György barát rájött Izabella mesterkedésére. A királyné két lengyel tanácsosát, akik közreműködtek a kapcsolatfelvételben, a budai nép köpdösése közepette kikergette a várból, Izabellát pedig szobafogságba vetette.
A falak lövetését már május 4-én elkezdték, de kezdetben nem sok kárt tettek az ágyúzással. Von Roggendorf parancsára aknával is megpróbáltak rést robbantani a várfalon, ám a védők ellenaknák ásásával ezt sikeresen meghiúsították.
A vár nyugati előterében, a királyi kertek területén már az ostrom első napjaitól kezdve heves csatározások folytak,
ahol 150 magyar muskétás tartotta fel a rohamozókat. Végül itt egy tiroli zászlóaljnak sikerült megtörnie az ellenállást. A zsidótemetőből szakadatlanul tüzelő ágyúknak június elsejére sikerült beomlasztaniuk a fal egy szakaszát, ezért Von Roggendorf rohamot rendelt el.
Ezt azonban nem nagyon kapkodták el,
a katonák előkészítették az ostromlétrákat, majd mint akik jól végezték dolgukat, pihenőre vonultak.
György barát kihasználta ezt a hanyagságot, és az éjszaka kijavíttatta a falakat, illetve földsáncot emelt a rés mögé. Másnap, amikor ezzel szembesültek az ostromlók, le is fújták a rohamot. Június derekára azonban elapadtak a védők élelmiszer-tartalékai, és kezdtek kifogyni az ivóvízből is, ezért felerősödtek a vár átadását követelő hangok.
Izabella ezt megneszelve, ismét megpróbálkozott a vár feladásával, ám a június 14-ei akciója is kudarcba fulladt.
A dühös György barát a királynét ezután egy pincébe záratta.
Időközben befutott Szulejmán levele, amelyben kitartásra biztatta a védőket, jelezve, hogy hamarosan Buda alá érkezik a török felmentő sereg.
Szulejmán csak későn, június 19-én tudott elindulni Isztambulból. Ferdinánd ugyanis követeket küldött a perzsa sahhoz, arra biztatva, hogy támadja meg Mezopotámiát, V. Károly hajóhada pedig Algír elfoglalására készült.
Mehmed pasa, szendrői beglerbég 50 ezer fős csapata azonban már június 10-én tábort vert Kelenföldön
és a Csepel-sziget északi csücskén, ezzel pedig gyakorlatilag megpecsételődött az ostromlók sorsa, már a szultáni fősereg beérkezése előtt. Július 3-án a védők Török Bálint vezetésével nagyszabású kitörést hajtottak végre a várból, súlyos veszteséget okozva az ostromlóknak.
A szultáni had július végén átkelt a Száván, és Buda felé tartott. Az agg Von Roggendorf mindezek ellenére augusztus közepéig kitartott, holott tisztjei egyre gyakrabban sürgették az elvonulást. Augusztus derekán már az alaposan megtépázott ostromlóknak is fogytán volt az élelmiszerük és a lőszerük.
Von Roggendorf augusztus 20-án még egy utolsó kísérletet tett a vár elfoglalására,
ám Mehmed bég török-tatár csapatai és a törökök támadásával egy időben Budáról kitört védők ellentámadása az utolsó rohamot is kudarcba fullasztotta.
Az összeomlott roham után az ostromlók vert serege megmaradt készleteik és nehézfegyverzetük hátrahagyásával elvonult Buda falai alól. Amikor Szulejmán szultán augusztus 26-án megérkezett és letáborozott Óbudán, Von Roggendorf vert hadai már messze jártak.
Szulejmán az elmúlt évek tapasztalatai alapján elhatározta, hogy harmadik budai „látogatásáról" már nem fog üres kézzel Isztambulba vonulni. Augusztus 28-án ezért üzenetet küldött Izabellának, hogy a csecsemő királlyal együtt, akit „fiává kíván fogadni", látogassa meg táborában. A szultáni meghívó név szerint is megemlítette azokat a magyar urakat, köztük Török Bálintot, akit a padisah szintén elvárt a sátrába.
Izabellát rossz előérzet gyötörte,
ám nem volt mit tenni, másnap kora délután György baráttal és kíséretével együtt a szultán táborába ment.
A hosszúra nyúlt szultáni vizit alatt egyre több janicsár szivárgott be a vár területére,
azzal az indokkal, hogy szeretnék megcsodálni a gyönyörű „Budunt", majd amikor szinte már az egész belső vár megtelt török „turistákkal", a janicsárok lefegyverezték az őrséget, és Buda várfokaira, valamint a Nagyboldogasszony-templom ormára kitűzték a lófarkas török zászlót. Izabella és György barát, valamint kíséretük már csak csomagolni térhettek vissza a királyi palotába.
Török Bálint a szultáni táborban maradt, ahonnan Isztambulba, a Héttoronyba vezetett sírig tartó rabsága. Augusztus 29-én kora este Szulejmán fényes kíséretével együtt fellovagolt a sebtében mecsetté alakított Nagyboldogasszony-templomba, hogy hálát mondjon Allahnak „Budun" megszerzéséért. Buda ormairól csak a következő évszázad végén, 1686. szeptember 2-án hanyatlott le a török félhold.