A mohácsi katasztrófa utáni válság hónapjaiban királlyá választott nagyhatalmú főúr, Szapolyai János erdélyi vajda
személyével kapcsolatban a csaknem fél évezredes távlat ellenére sem ültek el az indulatok.
A Dózsa-parasztfelkelést leverő főúr szemére szokás vetni a lázadókkal szemben tanúsított kegyetlenségét csakúgy, mint megvádolni a mohácsi csatavesztéssel, vagy bűnbakká tenni a hódoltság miatt.
Az 1526. november 10.-én Székesfehérváron királlyá választott, majd másnap felkent és Magyarország királyává koronázott I. Jánossal szembeni sommás vádak jó része azonban alaptalan. Szapolyai János a 15. században viharos sebességgel felemelkedő Szapolyai-dinasztia egyik legbefolyásosabb főurává küzdötte fel magát II. Ulászló uralkodása idején.
Az 1505-ös rákosi országgyűlés idején már ő volt a köznemesi párt potenciális királyjelöltje,
miután az országgyűlés közfelkiáltással úgy döntött, hogy többé nem választanak idegen házból származó uralkodót. A rákosi végzés azonban soha sem emelkedett törvényerőre, mivel azt a király, II. Ulászló nem szentesítette.
II. Ulászló - érthető okokból – cseppet sem szimpatizált Szapolyai Jánossal, aki 1510-től erdélyi vajdaként nem csak a királyság egyik legfontosabb területének lett a tartományura,
hanem erősebb hadsereg felett diszponált, mint a király.
Elszánt politikai ambíciói ellenére sem lehet azt állítani, hogy ne lett volna engedelmes alattvalója az uralkodónak. Más kérdés viszont, hogy mindent elkövetett az 1515-ös harmadik Habsburg-Jagelló szerződés aláásására, amely a Jagelló-ág kihalása esetén Habsburg birtokká tette volna a Magyar Királyságot.
Amikor az 1514-ben Bakócz Tamás bíboros pápai bulla alapján meghirdetett keresztes hadjárata parasztfelkelésbe torkollott, II. Ulászló – nem lévén elegendő katonai ereje – kénytelen volt az általa nem szívlelt erdélyi vajda segítségét kérni a lázadás leveréséhez. Szapolyai a jól kiképzett és erős erdélyi hadtestével leverte a Dózsa-felkelést, a lázadás vezetőit pedig kegyetlenül megbüntette.
A felkelés vezetőinek kivégeztetése miatt egyesek,
köztük híres 19. illetve 20. századi irodalmárok szadista gyilkosként ábrázolták Szapolyait,
megfeledkezve arról, hogy a 16. század elején az ilyen, és mai szemmel nézve valóban brutális, kegyetlen kivégzési módszerek voltak az általánosak szerte egész Európában. Szapolyai az 1520-as évek elején több kisebb hadjáratot is vezetett a török megszállás alá került délvidéki területek ellen, különösebben nagy sikerek nélkül.
Egyesek János vajda délvidéki katonai expedícióira vezetik vissza azt, hogy az 1520. szeptember 30-án trónra lépett új oszmán uralkodó, Szulejmán szultán figyelme a Magyar Királyság felé fordult.
E vélekedésnek azonban nincs sok közük a valósághoz, mert Szulejmán Magyarország ellen fordulásában sokkal nagyobb szerepet játszott az, hogy az apja, I. Szelim közel-kelti hódító politikáját feladva
ismét Európát tette meg az oszmán expanzió fő csapásirányának,
az 1521-es első hadjáratának pedig az volt a formális oka, hogy II. Lajos börtönbe vetette a követeit, és megtagadta az 1517-es békeszerződés meghosszabbítását.
Az egyik legnépszerűbb toposz Szapolyai Jánossal kapcsolatban az, hogy szándékosan késett el a mohácsi csatából, mivel arra játszott, ha II. Lajos elesik az ütközetben, akkor ő lesz a király. Annak ellenére, hogy a vajda valóban dédelgetett magában királyi ambíciókat, ez a feltételezés minden valós alapot nélkülöz.
Amikor a budai udvarba megérkezett a szultáni had felkerekedésének híre, II. Lajos azonnal elrendelte a királyi sereg mozgósítását, ám a pénzhiány és egyéb problémák miatt ez csak rendkívül vontatottan haladt.
Az erdélyi vajdának először azt a parancsot küldte a király, hogy törjön be török területre a seregével,
és próbálja meg elvonni az oszmán hadat a fő csapásirányától. Amikor Szapolyai és az erdélyi hadtest megkezdte a kapott parancs szerinti felvonulást, II. Lajos lefújta az akciót, majd egy újabb üzenettel elrendelte, hogy a vajda vonuljon a Dunához, és egyesüljön a gyülekező királyi haddal.
Ez a parancs akkor érkezett meg a Szapolyaihoz, amikor a király már Paks környékén járt. Szapolyai János felismerte, hogy a megkésett üzenet miatt erősen kétséges, képes lesz-e még időben egyesülni a királyi sereggel.
Ezért lovas futárt küldött a királyhoz, és nyomatékosan arra kérte II. Lajost, hogy semmiféleképpen se bocsátkozzék csatába Szulejmán hadaival mindaddig,
amíg ő a harcedzett erdélyi hadtestével be nem érkezik a királyi táborba.
(Szapolyai hadserege hozzávetőleg 10-15 ezer jól kiképzett katonából állt, és ha az uralkodó a vajda tanácsát megfogadva bevárja az erdélyi hadtestet, akkor az összesen 25-27 ezer fős királyi sereg létszáma közel negyvenezer főre növekedett volna, javítva az esélyeket.)
II. Lajos hajlott volna e tanács megfogadására, annál is inkább mert ugyancsak felvonulóban volt még a horvát bán szintén tízezer fő körüli serege,
de a királyt a főurak lebeszélték a további várakozásról, mert minél előbb megakartak ütközni a törökkel.
Az 1526. augusztus 29-én lezajlott végzetes kimenetelű csata időpontjában Szapolyai János serege még Szeged környékén volt, és ezért nem tudott beavatkozni az ütközetbe.
Az is gyakran hangoztatott vád Szapolyaival szemben, hogy a vesztes mohácsi csata után Szeged alatt maradt, és tétlenül szemlélte, amint Szulejmán és Ibrahim pasa nagyvezír serege bevonul Budára.
Valójában a közel hatvanezres oszmán haddal szemben az erdélyi hadtest önmagában semmit sem tehetett, a szultáni sereg megtámadása az adott körülmények között egyenlő lett volna az öngyilkossággal.
A katasztrofális mohácsi vereség szabályosan lefejezte a magyar államvezetést: odaveszett a király, hét főpap (köztük Szalkai László esztergomi érsek) 28 báró és zászlósúr, az özvegy királyné valamint az udvartartás a vereség hírére pedig elmenekült Budáról. (A vajda testvére, Szapolyai György temesi gróf is elesett a csatában.)
Miután bizonyossá vált II. Lajos halála, a fenyegető anarchia megakadályozása miatt elkerülhetetlenné vált a mielőbbi királyválasztás. A húszévesen hősi halált halt II. Lajosnak nem maradt utóda,
a király halálával a Jagelló-ház magyarországi ága is kihalt.
A királyválasztás kérdését az 1526 november elejére Székesfehérvárra összehívott országgyűlés volt hivatott rendezni.
A jelentős többséggel rendelkező köznemesi párt az 1505-ös rákosi végzés szellemében nem akart többé idegen uralkodót, ezért a jelöltjüket, Szapolyai Jánost november 10-én közfelkiáltással királlyá választották.
A Szent István által alapított Nagyboldogasszony-bazilikában, a magyar királyok koronázó templomában másnap ünnepi szentmise keretében felkenték és Magyarország királyává koronázták a vajdát, aki I. János néven foglalta el a trónt.
János király 14 éves országlását válságok egész sora kísérte. Habsburg Ferdinánd – aki az 1515-ös Habsburg-Jagelló szerződés alapján saját magát tekintette a magyar korona törvényes várományosának – nem ismerte el János megválasztásának törvényességét. 1526 decemberében a főherceget Pozsonyban részben azok a főurak, akik alig egy hónappal korábban Jánost emelték pajzsra, királlyá választották.
1527. november 3-án, csaknem napra pontosan egy évvel azután, hogy Szapolyai János homlokára helyezték a Szent Koronát, a székesfehérvári bazilikában ismét koronázási misét celebráltak,
és Báthory István nádor közreműködésével Habsburg Ferdinándot koronázták magyar királlyá.
Ez volt a legutolsó olyan királykoronázás a magyar történelemben, ami még a székesfehérvári Nagyboldogasszony-bazilika falai között történt.
Az országnak immár két királya volt. Az ezt követő szűk másfél évtizedet a János és Ferdinánd közötti párharc jellemezte, amelyből végül a „nevető harmadik" Szulejmán oszmán szultán, az iszlám világ kalifája került ki győztesen.
Csaknem 14 évig tartó viszontagságos uralkodás után I. János 1540. július 17-én hirtelen ágynak esett. Az orvosi tanács ellenére sem maradt azonban nyugalomban, kikelt az ágyból, de hamarosan ismét rosszul lett. Nagy valószínűség szerint szélütések egész sorozata érte a királyt, aki július 21-én meghalt.
Még a halála előtt megeskette legfőbb bizalmasát, Fráter Martinuzzi Györgyöt,
hogy gondoskodjon az alig két héttel korábban, július 7-én megszületett fia, János Zsigmond királlyá választásáról, valamint a törökökkel megkötött szövetségi szerződés fenntartásáról.
János két évvel korábban, 1538-ban titokban megállapodást kötött Ferdinánddal, hogy a halála esetén Ferdinánd koronája alatt egyesüljön az ország.
A váradi békét Ferdinánd azonban elárulta a szultánnak,
de Szulejmán ennek ellenére is megtartotta Jánost a Porta vazallusának. Az 1540-ben már 53 éves Jánost - és természetesen a környezetét is - váratlanul érte a nem remélt trónörökös megszületése.
János király ezért a Ferdinánd által már amúgy is felrúgott váradi békét érvénytelennek tekintette, és azzal a meggyőződéssel csukta le szemét, hogy sikerült fia trónutódlását biztosítania. (A nagy befolyású és kitűnő diplomáciai érzékkel megáldott pálos szerzetes, Fráter György nem is szegte meg az urának tett esküjét, és a csecsemő János Zsigmondot királlyá választatta.)
János király temetése is olyan volt, mint az uralkodása. A király holttestét egy szurokkal bekent koporsóba fektették, amit erős őrizet mellett indítottak útnak a szászsebesi kastélyból Fehérvárra.
A koronázó városba vezető hosszú út igen viszontagságosnak bizonyult, mert többször is rablóbandák ütöttek rajta a halottas meneten, a zsiványok kincseket sejtettek a koporsóban.
A Maros menti sűrű erdőkben valóságos ütközet alakult ki az ezer gyalogosból és mintegy négyszáz lovasból álló kíséret valamint egy különösen népes és jól felfegyverzett haramiabanda között. Így telt a Székesfehérvárra vezető út legnagyobb része,
katonák és rablók viaskodtak a halott király koporsója felett.
Számos megpróbáltatás átvészelése után szeptember elsején érkezett meg Székesfehérvárra a megfogyatkozott létszámú gyászmenet.
A király holtteste ekkor már alig volt felismerhető, csakúgy, mint elődjéé, a szerencsétlenül járt II. Lajos királyé.
A temetési szertartást szeptember 15-én tartották meg a koronázó bazilikában,
és ott is temették el I. János beszentelt holttestét, utolsóként az oda temetkezett magyar királyok közül. Miután Székesfehérvár 1543-ban török kézre került, a bazilikába betört oszmán hódítók a királysírok egy részét kincsek után kutatva feldúlták, és kifosztották.
János király földi maradványait 1545-ben a török defterdár hajítatta ki a bazilikából, amit a városbíró temetett el titokban a város határában. A magyar történelem annyi fontos és fényes eseményének helyszíne,
a székesfehérvári koronázó bazilika a tizenötéves háború idején, 1601-ben rongálódott meg helyrehozhatatlanul,
amikor a keresztény sereg ostroma közben a törökök felrobbantották az egyik tornyot, amiben lőport tároltak.
A várost visszafoglaló zsoldosok a romossá vált bazilika még épen maradt királysírjait is kifosztották. Miután a törökök 1602-ben visszafoglalták Székesfehérvárt, a bazilika romos falait elbontották, és a köveket erődítésre, illetve építkezésekre használták fel.
A királysírok közül egyedül csak a III. Bélának és feleségének tulajdonított uralkodói sír maradt épségben, akiknek földi maradványait 1896-ban a budavári Nagyboldogasszony-templom egyik kápolnájában helyezték örök nyugalomra.