Ezek a létesítmények olyan kezelésekkel gondoskodtak a mentálisan beteg emberekről, amelyeket jóval humánusabbaknak véltek a korábban alkalmazottaknál. Azonban az elmebetegek megbélyegzése az egyre több ilyen diagnózis felállításával közösen rettentően túlzsúfolt kórházakhoz és a betegekhez való egyre durvább hozzáálláshoz vezetett.
Ezek az „elmegyógyintézetek" fokozatosan börtönné alakultak át, ahol összegyűjtötték a társadalom „nemkívánatos elmeit" – a „gyógyíthatatlan betegeket", bűnözőket és fogyatékossággal élőket - és elszigetelték őket a társadalomtól.
A pácienseket borzasztó „kezeléseknek" vetették alá. Ezek közé tartoztak
a jeges fürdők, az elektrosokk terápia, a beöntés, az érvágás, a kényszerzubbony, a kényszergyógyszerezés és a lobotómia. Ezeket az eljárásokat mind jogos orvosi gyakorlatnak tekintették azokban az időkben.
A helyzet csak azután kezdett javulni, hogy fedett vizsgálatokkal és a szemtanúk vallomása alapján feltárták és nyilvánosságra hozták az elmegyógyintézetekben uralkodó rettenetes körülményeket.
1851-ben például Isaac Hunt – a maine-i elmekórház korábbi betege – beperelte az intézetet. A kórházat úgy jellemezte, mint „az embertelenség leggonoszabb, legkegyetlenebb rendszerét, ami leginkább az inkvizíció legvéresebb, legsötétebb napjaival, vagy a Bastille tragikus eseményeivel hozható párhuzamba".
Szerencsére napjainkra sokat javult a mentális betegek gyógyítását végző rendszer, de sajnos bizonyos „gyógymódok" – még ha nem is alkalmazzák rutinszerűen – még mindig nem tűntek el teljesen a gyakorlatból.
Ezek egyike a hírhedt lobotómia.
A lobotómiát a huszadik század egyik legvitatottabb neurológiai beavatkozásának tartják, bár nagyon ritkán - és kimondottan súlyos esetekben - még a mai napig is alkalmazzák.
A beavatkozás a portugál Egas Moniz nevéhez fűződik, aki korábbi majomkísérletek alapján úgy látta, hogy a homloklebeny kérgének elvágása az agytól könnyen kezelhetővé teszi a súlyos szkizofréniás betegeket. Leírta ugyanakkor azt is, hogy az agyi rész mesterséges leválasztásától a páciensek gyakran katatóniához hasonló állapotba kerültek.
A korabeli elmegyógyintézetek brutalitását és a lobotómia szörnyűségét talán a legérzékletesebben a Száll a kakukk fészkére című film mutatja be.