A szovjet kötelék tisztikara nem kapott értesítést az október közepe után egyre jobban felforrósodó helyzetről. Amikor a nyugat-atlanti térségben állomásozó NATO haditengerészeti kötelékek aktivitása feltűnően felerősödött, Arhipov azt a parancsot kapta Moszkvától, hogy szóródjon szét a kötelékével, és ellenkező utasításig ott kezdjenek el járőrözni, ahol éppen vannak. Arhipov kapitány és tisztjei ironikus módon csak az Amerika hangja orosznyelvű rádióadásából értesültek arról, hogy az amerikai haditengerészet blokád alá vonta Kubát.
Szavickij kapitányt, a B-59 parancsnokát és a legénységet is feszültté tették ezek a hírek. Október 25-én a térségben járőröző amerikai romboló, az USS Beale szonárkezelői bemérték a felszín alatt meglapuló szovjet tengeralattjárót. A szonárjel detektálása után Szavickij utasítására a B-59 nagy mélységbe merülve sikeresen elrejtőzött az amerikai romboló elől, de nem maradhatott korlátlan ideig a mélyben; a lemerülő akkumulátorok fetöltése miatt fel kellett emelkednie a felszínre.
Még nem sikerült befejezni az elektromos motorok feltöltését, amikor hirtelen egy Lockheed P-3 „Orion" típusú amerikai haditengerészeti járőrgép bukkant fel a horizonton, és hangosan dübörgő hajtóművekkel alacsonyan áthúzott a B-59 felett.
Szavicjkij azonnal vészmerülést rendelt el, noha az akkumulátorok még nem voltak teljesen feltöltve. Október 27-én, amikor a válság tetőzött, mert egy szovjet légvédelmi üteg lelőtte Kuba felett az amerikai légierő egyik U-2 federítőgépét, Szavickij és legénysége már a második napja voltak a mélyben. Az akkumulátorokban szinte semmilyen tartalék nem maradt, az egyre nagyobb szén-dioxid koncentráció miatt pedig fulladozni kezdett a legénység. Nem volt mit tenni, ismét fel kellett merülni. Sem Szavickij, sem pedig Arhipov kapitány nem tudott arról, hogy a blokádot őrző amerikai hadihajók parancsot kaptak minden felderített szovjet tengerelattjáró felszínre kényszerítésére.
McNamara védelmi miniszter parancsa szerint a szonárral bemért szovjet tengerlattjárókra gyakorló mélyvízi bombákat illetve gránátokat kell dobni. (A gyakorló mélyvízi bomba nem rendelkezik olyan erős töltettel, ami felszakíthatja a tengeralattjáró héjazatát, de éleséhez hasonló lökéshullámokat kelt, a szerk.)
Erről a B-59-es kötelék egységei azonban nem tudtak semmit,
noha az amerikai védelmi minisztréium az intézkedéséről hivatalosan értesítette Moszkvát. A B-59 szonárkezelői észlelték ugyan a jelentősen megnövekedett felszíni hajóforgalmat, de azt nem tudták a mélyből megállapítani, hogy az Essex-osztályú USS Randolph repülőgép-hordozó és rombolókísérete műveleti zónájában vannak.
Az USS Cony romboló viszont felfedezte a mélyben lopakodó szovjet tengeralattjárót, és a kapott parancs szerint eljárva, megkezdte a gyakorló mélyvízi bombák vízbe vetését. A B-59 közelében felrobbanó bombák lökéshullámai pörölycsapásszerűen zúdultak a szovjet tengeralattjáróra. A legénység falfehéren, halálra rémülve halgatta a kalapácsütésre emlékeztető fülsiketítő zajt; minden egyes robbanásnál a búvárhajó erősen megrázkódott.
Először Szavickij kapitánynál telt be a pohár, aki azt hitte, hogy „éles" támadás alá vonták a hajóját.
Szavickijnek az volt a meggyőződése, hogy kitört a 3. világháború, és az amerikai egységek parancsot kaptak a térségben tartózkodó szovjet tengrealattjárók megsemmisítésére. A kapitány magához rendelte a fegyverzeti tisztet, és arra utasította,
hogy kezdjék el az egyik T-5-ös nukleáris torpedó élesítését.
Magából kikelve azt üvöltözte, hogy „kirobbantja a szemét jenkiket az óceánból". Arhipov kapitánynak azonban sikerült megőriznie a hidegvérét, és ő úgy értékelte a helyzetet, hogy a B-59-et nem éles, hanem csupán figyelmeztető támadás érte.
Szavickij azonban tovább kötötte az ebet a karóhoz.
"Most jól odaba...ok nekik! Megdöglünk mi is, de a flottát nem hagyjuk szégyenben!"
- ordította kivörösödött fejjel. Jurij Maszlennyikov, a B-59 politikai tisztje Szavickij oldalára állt, és átadta a kapitánynak a nukleáris töltet indításához szükséges második kulcsot. A helyzet ezzel rendkívül veszélyessé vált, mivel az akkor érvényes szolgálati szabályzat szerint a kapitány és a politikai tiszt egybehangzó elhatározásán kívül nem volt szükség más egyéb engedélyre a nukleáris töltet kilövéséhez.
Nagy szerencsére, a feldühödött Szavickijben maradt annyi fegyelem, hogy szolgálati felettese, Arhipov kapitány beleegyezését is kikérje, noha a politikai tiszt hozzájárulása után már szabad keze volt az atom-torpedó indításához. Arhipov viszont határozottan megtiltotta a nukleáris töltet élesítését és a torpedó kilövését, amit Szavickij nem akart tudomásul venni.
A két parancsnok között egészen a tettlegességig fajult el az az indulatos vita, aminek kimenetelén tulajdonképpen a harmadik világháború kitörése múlott. Mind a mai napig nem világos, hogy Arhipovnak végül észérvekkel,
vagy egy-két kiadós pofonnal sikerült-e leszerelnie a vadul dühöngő tiszttársát.
Mindenesetre pár perc elteltével, a még mindig toporzékoló Szavickij odament a szonárkezelőhöz, és megparancsolta, hogy adjon le egy erős, aktív jelet, ami jelzi az amerikaiaknak, hogy felemelkednek. A leadott jelre azonnal megérkezett a válasz; a B-59 tornya október 28-án, hajnali 5 óra 12 perckor áttörte a felszínt.
A felszínre bukkant szovjet tengeralattjárót fényszórók erős, fehér fénye fonta körbe. A B-59-től szinte alig karnyújtásnyira állt az USS Cony romboló, távolabbról pedig az USS Randolph hordozó kivilágított hatalmas tömege magasodott a tenger fölé.
A repülőgép-hordozó fedélzetéről egymás után stratoltak el a Grumman S-2-es gépek, a víz felszínén pedig világító szonárbólyák bukdácsoltak. Szavickij és Arhipov megjelentek a hídon, a torony alatt pedig felsorakozott a legénység; így néztek egymással farkasszemet a szovjet és az amerikai haditengerészek. Arhipov még ezt megelőzően rádión tájékoztatta Moszkvát, hogy a felszínre kényszerítették, és további parancsot kért.
A B-59 azt az utasítást kapta, hogy forduljon vissza, és a Bahamák térségében járőrözzön mindaddig, amíg újabb parancsot nem kap. Odafent már éppen kezdtek lenyugodni a kedélyek , amikor hirtelen egy újabb incidens zavarta meg a törékeny békességet. A szürkületből ugyanis egy nagy P2V „Neptun" amerikai járőrgép bukkant fel hirtelen, ami először világítóbólyákat dobott a B-59-re, majd egy éles forduló után a fedélzeti fegyvereiből hosszú sorozatot lőtt a szovjet tengerealattjáró orra elé.
A Neptun ismét fordult egyet és újból lőtt.
Szavickij kapitány ettől az akciótól éktelen dühbe gurult, és azonnal a harcálláspontra akarat rohanni, hogy kiadja a parancsot: a B-59 forduljon a hozzá legközelebb álló USS Cony felé, és lőjön ki egy torpedót a rombolóra.
Szerencsére a nagy sietségben elcsúszott, a segédtisztje pedig a kapitány fejére esett. Szavickij így minden dühét a szerencsétlen segédtisztre zúdította, amitől egy kissé lehiggadt.
Ez tette lehetővé, hogy Arhipov ismét közbeavatkozzon, és leszerelje a harcias kapitányt.
Az amerikaiak mindebből csak annyit láttak, hogy a két tiszt eltűnt a toronyból, majd a szovjet tengeralattjáró lassan elkezdett ráfordulni az USS Cony-ra. Még tovább nőtt a feszültség, amikor a romboló szonárkezelője izgatottan azt jelentette, hogy a szovjet tengeralattjáró kinyitotta az egyik orrvetőcső zárófedelét.
Ekkor gyors üzengetés vette kezdetét az amerikai hadihajó és a szovjet tengeralattjáró között, Aldis-lámpák segítségével. Arra az amerikai kérdésre, ami a tengerelattjáró hovatartozását firtatta, Szavickij válaszul felhúzatta a sarló-kalapácsos vörös szovjet lobogót. Az USS Cony parancsnoka, Morgan fregattkapitány ezután elnézést kért a félreétésekért és a Neptun „meggondolatlan akciójáért", amit Szavickij felgmán nyugtázott. Végül a B-59 megfordította az orrát, és az amerikai hadihajók alkotta „díszkísérettel" megkezdte a visszavonulást; a világ pedig megmenekült a hajszálon függő nukleáris katasztrófától.
Az atomháborúval fenyegető kubai válságnak végül Kennedy és Hruscsov megállapodása vetett véget; a Szovjetunió kivonta az összes nukleáris rakétáját Kubából, Amerika pedig leszerelte a Törökországba és Dél-Olaszországban állomásoztatott Jupitereket.