Az Egypt Air a francia és az egyiptomi főváros, Párizs és Kairó között menetrend szerint közlekedő MS 804-es járatát 2016. május 18-án késő este az aznapra szóló vezénylés szerint Mohamed Shoqueir kapitány és személyzete teljesítette. A járatot teljesítő SU-GCC lajstromjelű Airbus A320-232-es típusú gép 2003 novemberében állt szolgálatba az egyiptomi légitársaságnál. Mohamed Shoqueir kapitány 6 275 repült órával rendelkezett, amelyből 2 101 órát teljesített az Airbus A320-as típuson.
Az első tiszt, Mohamed Assem szintén gyakorlott pilótának számított, aki összesen 2 766 repült órát mondhatott magáénak. Aznap a járat nem volt teltházas, a személyzeten, vagyis a két pilótán, az öt légiutas-kísérőn és a három fedélzeti biztonsági őrön kívül ötvenhat utas foglalt helyet az ülésekben.
A felszállás előtti kötelező ellenőrzés során a személyzet mindent rendben lévőnek talált,
a gép fedélzeti rendszerei kifogástalanul működtek. A 804-es járat helyi idő szerint késő este 23 óra 6 perckor kapta meg a startengedélyt a Charles de Gaulle nemzetközi repülőtér irányítótornyától.
A startengedély nyugtázása után Shoqueir kapitány a felszálló teljesítményhez előretolta a gázkarokat, majd az Airbus egyre jobban gyorsulva végigdübörgött a felszállópálya betonján és a magasba emelkedett. Az időjárási előrejelzés szerint a 804-es járat irányvonalán nyugodt meteorológiai körülményekre lehetett számítani, ezért eseménytelennek ígérkezett a Kairóig tartó négyórás repülőút.
Az MS 804-es járat a francia fővárostól a svájci, az olasz, a horvát, a montenegrói, az albán és a görög légtér érintésével Kréta és az afrikai partvidék közötti víztömeg átrepülése után kezdte volna meg a süllyedést a kairói nemzetközi repülőtér irányába. A repülés első bő három órája eseménytelenül telt el;
az éjszakai órákra tekintettel az utasok többsége hamar elaludt.
Az utolsó radaradatok szerint május 19-én hajnali 2 óra 30 perckor a 804-es járat a Földközi-tenger keleti nagymedencéje felett a Görögországhoz tartozó Kastellorizó szigetétől és az egyiptomi partoktól nagyjából egyenlő messzeségben, 280 kilométeres távolságra FL370 es (Flight Level 370, azaz 37 ezer láb, vagyis 11 470 méter) utazómagasságon repült, amikor hirtelen eltűnt a radarképernyőről.
A körzeti légi irányítás ezt megelőzően nem kapott vészjelzést a pilótafülkéből. Miután az ismételt kapcsolatfelvételi kísérletek eredménytelennek bizonyultak, az irányítók vészhelyzetet jelentettek. Amikor megvirradt, nagyszabású keresőakciót indítottak a Földközi-tengernek azon a részén, amely felett az utolsó radaradatok szerint a gép repült. Délelőtt az egyiptomi Polgári Légiközlekedési Minisztérium szóvivője megerősítette, hogy kutató-mentő csapatokat vezényeltek az eltűnt repülőgép felkutatására, és a görög hatóságokkal együttműködve folytatják a keresést.
Az egyiptomi Polgári Repülési Ügynökség illetékese pedig bejelentette, hogy a 804-es járat a legnagyobb valószínűséggel a tengerbe zuhant. A kutató-mentőakcióban Görögország és Franciaország is részt vett, de még a brit és az amerikai haditengerészet néhány egysége is bekapcsolódott a kiterjedt tengeri terület átfésülésébe.
Május 20-án az egyiptomi haditengerészet és légierő mentésbe bevont egységei törmeléket, holttesteket, poggyászmaradványokat és repülőgépüléseket fedeztek fel az Airbus vélelmezett becsapódási körzetében, mintegy 290 kilométerre Alexandria partjaitól.
Alkonyatkor, majd május 23-án hajnalban újabb két, a tenger felszínén sodródó törmelékmezőt fedeztek fel a kutató-mentőegységek. Az Európai Űrügynökség (ESA) május 20-án bejelentette, hogy a Sentinel-1A műhold felvétele alapján egy 2 kilométer hosszú üzemanyagfoltot fedeztek fel az északi szélesség 33°32′-e, illetve a 29°13′-e keleti hosszúságnál, körülbelül 40 kilométerre délkeletre a 804-es járat utolsó ismert helyétől.
Abban a nagyjából 14 ezer négyzetkilométeres körzetben amelyre a kutatást kiterjesztették, átlagosan 2 440 és 3 100 méter mély a Földközi-tenger. A katasztrófa okainak felderítéséhez nélkülözhetetlenné vált a gép mélybe süllyedt roncsainak lokalizálása, illetve a repülési adatrögzítők, az úgynevezett fekete dobozok megtalálása, amit igencsak megnehezített a jelentős tengermélység. Május 26-án arról számoltak be, hogy a műhold fogta a repülőgép vészhelyzeti helymeghatározó adójának jeleit, ami már csak 5 kilométeres körzetre szűkítette le azt a területet, ahol a roncs nagyobb darabjai valószínűleg fellelhetők votak a tengerfenéken.
A vészhelyzeti helymeghatározó adó általában a becsapódáskor aktiválódik, és rádiós vészjelzést küld; ez nem tévesztendő össze a repülési adatrögzítőhöz, a „fekete dobozhoz" csatlakoztatott víz alatti helymeghatározó jeladó (ULB) jelével, ami az előbbivel szemben, ultrahangos impulzust bocsát ki. Az Egyesült Államok Nemzeti Óceán- és Légkörkutató Hivatala (NOAA) megerősítette, hogy a vészhelyzeti helymeghatározó adó jelét már percekkel azután megkapták a műholdak, hogy a repülőgép eltűnt a radarról.
A „fekete dobozok" felkutatása elsődleges prioritássá vált, mivel a repülési adatrögzítőkbe beépített jeladó legfeljebb csak 30 napig képes az ULB-jelek sugárzására. Majdnem egy hónappal a 804-es járat lezuhanása után, június 16-án az egyiptomi hatóságok bejelentették, hogy a John Lethbridge kutatóhajónak sikerült a pilótafülke hangrögzítőjét ( Cockpit Voice Recorder, CVR) megtalálnia, 4000 méteres mélységben. Másnap a második adatrögzítőt (FDR) is sikerült azonosítani, illetve a felszínre emelni.
A felvételeket rögzítő egységeket alapos szakértői vizsgálatra Kairóba szállították, de az egyiptomi szakembereknek nem sikerült letölteniük az adatokat, ezért a sérült adatrögzítőt (az FDR-t) Franciaországba küldték a BEA-hoz. A francia civil repülési baleseteket kivizsgáló szervezet, a BEA szakértőinek sikerült is kijavítaniuk a sérült adatrögzítőt, így az abból kinyert információk hozzájárulhattak a vizsgálat eredményességéhez. A vizsgálat még el sem kezdődött, amikor már a katasztrófa napján az egyiptomi Polgári Légiközlekedési Minisztérium illetékesei bejelentették,
hogy legnagyobb valószínűséggel terrorcselekmény okozhatta a gép pusztulását.
Ez természetesen az egyik lehetséges opció volt, hiszen 2016-ban a szélsőséges muszlim terrorszervezet, az Iszlám Állam számos véres merényletet hajtott végre, csakhogy a Franciaországban elvégzett vizsgálat merőben más okokat tárt fel. Ettől függetlenül az egyiptomi hatóságok kitartottak a terrorcselekmény verziója mellett, ezért az ügy kivizsgálását – bűncselekmény gyanúja miatt – a repülésügyi hatóságtól a főügyészséghez tették át. Egyiptomi részről mind a mai napig nem adtak ki zárójelentést a 804-es járat katasztrófájának okairól.
A francia légügyi hatóság önálló vizsgálati eljárásában a gép digitális adatkapcsolati rendszere, az ACARS által küldött jelek feldolgozása során meglepő ténnyel szembesültek a BEA nyomozói. A katasztrófa hajnalán 2:26 és 02:29 között összesen hét különböző üzenet érkezett az ACARS-tól, amelyek mind arra utaltak, hogy füst keletkezett az elülső illemhelyen, illetve a pilótafülke bal oldalán lévő repüléstechnikai rekeszben. Az adatsor szerinti három ablakot az első tiszt ülése előtti, illetve melletti ablakokként azonosították. A jelek mind arra mutattak, hogy a pilótafülkében keletkezett a füst.
Ezt a BEA közlése szerint a pilóták beszélgetését rögzítő CVR hanganyaga is alátámasztotta, mert a kapitány és az első tiszt a kabinban keletkezett tűzről beszéltek. Az érzékelők adatai szerint először az első tiszt ülésének környékén, a kabin jobb oldalán keletkezett extrém hő. A francia legfőbb bírói testület által elrendelt szakértői vizsgálat arra a konklúzióra jutott,
hogy a tűz kialakulásában a pilótafülkében felhalmozódott nagy mennyiségű tiszta oxigén játszhatott főszerepet,
ami az első tiszt vészhelyzeti oxigénellátó rendszeréből áramolhatott ki. A nyomozók megállapították, hogy az első tiszt oxigénmaszkját a katasztrófa előtt három nappal korábban cserélték ki, a szerelők azonban a készülék áramlásszabályozó kapcsolóját normál mód helyett vészhelyzeti állásban hagyták.
Az Airbus A320 típus üzemelési útmutatója szerint ilyen esetben megnő az ellenőrizetlen oxigénkiáramlás kockázata. Ha az oxigénmaszk vészhelyzeti kapcsolóállásban van, kizárólag tiszta oxigén érkezik az ellátórendszerből és nagyobb nyomáson, mint normál módban. A szakértők azt is kihangsúlyozták, noha a tiszta oxigén jelentősen megnöveli az égés intenzitását, önmagától azonban nem lobban be, így a tűz keletkezésének forrása további magyarázatot igényelt. Mivel az Egypt Air-nél akkoriban még nem volt megtiltva a dohányzás a pilótafülkében, a francia szakértők szerint az egyik pilóta cigarettára gyújthatott, ami a tiszta oxigénnel dús légtérben azonnali tüzet okozott.
A gyorsan elharapózó lángokat a személyzet nem tudta megfékezni, a tűz viszont maradandó károsodást okozott az irányítórendszerben, és ez vezetett a gép lezuhanásához. Az egyiptomi légügyi hatóság nem válaszolt a francia megkeresésekre, és az ICAO sem kapta még meg a végleges zárójelentést Kairótól. A katasztrófát senki sem élte túl, a tízfős személyzet és az ötvenhat utas – köztük három gyermek és kettő csecsemő – mindannyian szörnyethaltak.