Ideális körülmények között vette kezdetét a 2007-es szezon második versenye Sepangban. Az 56 körös Maláj Nagydíjon 34 fokos levegő-, és 54 fokos aszfalthőmérséklet fogadta a versenyzőket.
Miután a Honda brazil versenyzője, Rubens Barrichello a szombati időmérőt követően (motorcsere miatt) egy tíz rajthelyes büntetést kapott, a csapat úgy döntött, a boxból indítja útjára versenyzőjét. Az élcsapatok kivétel nélkül a lágyabb keverékekkel indultak, így már akkor sejteni lehetett, hogy az utolsó etapra maradnak a keményebb gumik.
A két McLaren fantasztikusan kapta el a rajtot. A második pozícióból induló Fernando Alonso már a célegyenes végén megérkezett a pole pozícióból startoló Felipe Massa mellé, akit az első kanyarban sikeresen ki is fékezett.
A McLaren újonca, Lewis Hamilton, aki a negyedik helyről, a pálya tiszta feléről indulhatott, szintén kimagaslóan teljesített már az első métereken, és fantasztikus helyzetfelismerő képességének köszönhetően a harmadik kanyarban megérkezett Massa mellé, és sikeresen el is ment mellette, hogy követhesse kétszeres világbajnok csapattársát. A két McLaren mögött a Ferrarik, és a BMW-k következtek. Időközben a mezőny hátsó régiójában történt egy-két kisebb koccanás, melyet Vitantonio Liuzzi első szárnyeleme bánt, ám nem az olasz járt a legrosszabbul, hanem a Spyker német versenyzője, Adrian Sutil, aki a kavicságyban ragadt, így már az első körben feladta a küzdelmet.
Hamilton szemmel láthatóan feltartotta a két Ferrarit, amely Alonsónak kedvezett, a spanyol versenyző a negyedik körben járva már több mint öt másodperccel vezetett. Massa folyamatosan támadta a brit sofőrt, többször is megérkezett a McLaren mellé, ám a színes bőrű versenyző rendre visszaverte a ferraris támadását, mígnem a brazil besokallt, melynek eredményeképpen kicsúszott a pályáról, és visszacsúszott Heidfeld mögé az ötödik helyre. Raikkönen átvette csapattársa helyét, és ő indított támadást Hamilton ellen. Miközben ők csatáztak, Alonso majd 10 másodpercre növelte előnyét a többiekkel szemben.
A nyolcadik körben a Spyker már pakolhatott is, mert másik versenyzője, Christijan Albers füstölgő autóval megérkezett a boxba, ahonnan már nem is tért vissza.
Alonso folyamatosan futotta meg a leggyorsabb köröket, és a tizedik körnél járva már több mint 10 másodperccel vezetett csapattársa, Lewis Hamilton előtt, akit fél másodperces távolságból az ausztrál futamgyőztes, Kimi Raikkönen követett a harmadik helyen. A finn sofőr mögött hat másodperccel lemaradva Heidfeld következett, akit egy hajszállal lemaradva Massa követett az ötödik pozícióban. Időközben a BMW lengyel sofőrje, Robert Kubica lelassult, ki is állt a boxba, majd egy kis vizsgálódás után a 18. helyen folytatta tovább a körözést. Ezzel a Williams németje Nico Rosberg feljött a hatodik helyre, míg a pontszerzők sorát Fisichella és Trulli zárta.
A tizenhetedik körben Felipe Massa az ötödik helyről kiállva megkezdte a boxkiállások első körét. A Ferrari brazil versenyzője lágy keverékeket kapott, és a kilencedik helyen folytatta tovább a száguldást. Egy körrel később az élen tanyázó Fernando Alonso, és a ferraris Kimi Raikkönen is megérkezett a szerelők társaságába, mindketten puha gumikat kaptak. Míg Alonso a harmadik, Raikkönen a hetedik pozícióban csatlakozott a küzdelemhez.
Eközben Hamilton ideiglenesen átvette a vezetést, ám a 20. körben ő is kiállt tankolni, puha gumikat vételezett, és kényelmesen visszaállt Raikkönen elé a harmadik helyre, miközben Heidfeld vezetett. A BMW német versenyzője a 22. körben szánta el magát első kiállására, puha keverékeket kapott, és könnyedén visszatért Massa elé a negyedik pozícióba, miközben Hamilton a kerékcseréje után megfutotta a verseny leggyorsabb körét.
Az első kiállásokat követően a sorrend: Alonso, Hamilton, Raikkönen, Heidfeld, Massa, Rosberg, és az egyedüliként egy kerékcserés taktikával futó David Coulthard volt, aki pontosan a futam felénél, a 28. körben állt ki a Red Bull szerelői közé.
A verseny második felében már csak a McLaren versenyzői csatáztak az első helyért. Hamilton rákapcsolt, folyamatosan dolgozta le hátrányát Alonsóval szemben, aki az élen kényelmesen vezetett. A harmadik helyen tanyázó Raikkönen a 30. körben már több mint tíz másodperccel volt lemaradva Hamilton mögött, míg a Ferrari brazilja, Felipe Massa az ötödik helyen tisztes távolságból követte Heidfeldet.
A kiállások második, és egyben utolsó körét Lewis Hamilton kezdte meg. A McLaren brit sofőrje a második helyről állt ki a szerelők közé, hogy megkapja a keményebb keverékeket. Az újonc sofőr Massa mögött az ötödik helyen folytatta tovább a körözést. Alonso és Massa a 40. körben teljesítette utolsó kiállását. Mindketten megkapták a keményebb keverékeket. Egy körrel később Raikkönen is kiállt a boxba, a finn sofőr a harmadik helyen, Alonso és Hamilton mögött folytatta tovább a száguldást. Heidfeld az utolsó kiállása után visszatért Massa elé, így Raikkönen mögött megtartotta negyedik helyét.
A Williams német versenyzője, Nico Rosberg tizenhárom körrel a futam vége előtt a hatodik helyről kényszerült kiállni, ugyanis a Toyota motor nem bírta tovább a strapát, és megadta magát.
A verseny utolsó köreire is maradt némi izgalom. Hamilton nem találta a fogást a kemény keverékű gumikon, folyamatosan szakadt le Alonsótól, és öt körrel a futam vége előtt már több mint 20 másodperccel volt lemaradva csapattársa mögött. Eközben viszont a harmadik pozícióban vitézkedő Raikkönen rákapcsolt, folyamatosan dolgozta le hátrányát, és közeledett a brit újonc felé. Bár a Ferrari finn sofőrje a futam végére szinte teljesen megérkezett Hamilton mögé, már nem maradt elég ideje arra, hogy támadási pozícióba kerüljön, így be kellett érnie a harmadik hellyel.
A McLaren 2005 szeptembere óta először aratott kettős győzelmet a Forma-1-ben: Alonso az első, míg Hamilton élete legjobb eredményét elérve a második helyen futott célba. Raikkönen a harmadik lett Heidfeld, és Massa előtt, míg a pontszerzők sorát a Renault pilótája, Giancarlo Fisichella, a toyotás Jarno Trulli, és az újonc Heikki Kovalainen zárta.