A pilótákat ismét hatalmas hőség fogadta Malajziában. Mikor a versenyzők felsorakoztak a rajtrácsra, az aszfalt hőmérséklete 37, míg a levegőé 33 fok volt, 61 százalékos páratartalom mellett.
Fisichella remekül kapta el a rajtot, akit a második helyről induló Jenson Button szorosan követett. A második sorból rajtoló Williams-páros, Mark Webber és Nico Rosberg komoly csatát vívott egymással, ami lehetőséget adott a hetedik pozícióból rajtoló Fernando Alonsónak, hogy felzárkózzon, és az első kanyart a harmadik helyen vegye be, közvetlenül Webber előtt, akit Montoya, Heidfeld, majd Rosberg követett.
Az első kiesőre nem kellett sokat várni, ugyanis Kimi Räikkönen az első kör közepénél járva megpördült, majd a verseny feladására kényszerült. Mint utólag kiderült, a Red Bull Racing osztrák pilótája, Christian Klien rongyolt bele a McLarenbe, melynek jobb hátsó kerékfelfüggesztése eltörött. Klien első futóműve is megsérült, melyet a szerelők hét körig javítgattak, majd ismét visszaküldték a többiek közé.
Fisichella vezette a sort a futam első szakaszában, Button, Alonso, Webber, Montoya, Rosberg és Heidfeld előtt. A Williams német versenyzője a célegyenes előtti kanyarban tudta megelőzni honfitársát, Nick Heidfeldet, aki csúnyán elfékezte magát. Bár Rosberg egyre közelebb került az ötödik helyen autózó Juan Pablo Montoyához, Cosworth V8-as erőforrása a hatodik körben megadta magát, így kiállásra kényszerült.
A következő körök kétségkívül Michael Schumacher körei voltak, aki előbb Jacques Villeneuve-öt, majd pedig a Toyota színeiben versenyző Jarno Trullit előzte meg az első kanyarban, miközben szép lassan zárkózott fel az élen állókhoz.
Mark Webber eközben folyamatosan támadta a harmadik helyét védő Fernando Alonsót, ám az ő motorja sem bírta tovább, és a 16. körben megadta magát - komoly fájdalom a csapat számára, amely még a győzelmet is kilátásba helyezte a hétvégére.
Az első boxkiállások a 18-19. körökben kezdődtek meg, mikor az élen álló Fisichella, majd az őt követő Jenson Button hajtott ki a szerelők közé üzemanyagot és friss gumikat vételezni. Montoya és Michael Schumacher csak később szánták el magukat első kiállásukra. Ők a 24. körben álltak ki, míg a menet közben az élre került Fernando Alonso csak a 26. körben látogatta meg a boxot. Bár sokan arra számítottak, hogy a spanyol versenyző egy kiállással fogja megcsinálni a versenyt, a Renault csak kevés üzemanyagot töltött az R26-osba, így már akkor tudni lehetett, Alonso két kiálláson van.
Az első boxkiállások után Fisichella ismét átvette a vezetést, akit Button, Alonso, Montoya, Heidfeld, és Michael Schumacher követett.
A verseny szép csendben zajlott egészen a 38. körig, mikor az élen álló Fisichella ismét kihajtott üzemanyagért a boxba, akit nem sokkal később Jenson Button követett. Mivel Alonso további öt körig kint tudott maradni, sikerült annyi időt begyűjtenie, hogy az utolsó kiállása után megérkezhetett Button elé, akitől átvette a második helyet.
A futam végére is maradt némi izgalom, amikor Michael Schumacher szánta el magát a tankolásra. A német versenyző azonban csapattársa, Felipe Massa mögé érkezett vissza, aki kétszeres motorcseréje miatt a mezőny végéről volt kénytelen elindulni. A brazil versenyző egy kiállásos stratégián volt, mely úgy tűnik, meghozta gyümölcsét.
A BMW Sauber istálló már-már pezsgőt is bontott a garázsban, hiszen Nick Heidfeld az ötödik pozícióban tanyázott, amikor motorja látványos füstfelhőt eregetve megadta magát, nyolc körrel a vége előtt.
Giancarlo Fisichella a pole pozícióból indulva nyerte meg a szezon második versenyét, ahol pályafutása harmadik futamgyőzelmét aratta. A második helyen csapattársa, Fernando Alonso ért célba, akit a Hondás Jenson Button követett, aki továbbra is első győzelmére vár. Montoya a negyedik pozíciót kaparintotta meg a McLarennel, míg az ötödik, illetve a hatodik helyen a Ferrari duója, Felipe Massa és Michael Schumacher futott be.
Az utolsó két pontszerző hely a BMW Sauber színeit képviselő Jacques Villeneuve-é és a Toyotás Ralf Schumacheré lett, aki felettébb örülhet, hogy a japánok jobban teljesítettek, mint a szezonnyitón Bahreinben.