Ugyan a Prius aktuális generációja nem érintett a Toyota gigantikus gázpedálos visszahívásában, a hibridre is panaszkodnak a vevők Japánban. A kormány szerdai bejelentése szerint már 14 panasz érkezett a Prius fékproblémái miatt, amely nyilván összefüggésben van az egész világot behálózó hisztériával.
2009 júliusában baleset is történt a kifogásolt fékhiba miatt, egy Prius frontálisan ütközött egy kereszteződésben, két könnyebb sérülést okozva. Minden kifogásolt modell Japánban készült.
A közlekedési minisztérium a bejelentések nyomán arra kötelezte a Toyotát, hogy vizsgálja ki a hiba okát. 2009 decembere és 2010 januárja között történt a további 13 kifogásolt eset.