Az egyik ilyen kórkép, a sclerosis multiplex esetében az idegrostokat védő fehérje- (mielin-) hüvely károsodik a saját anyagot megtámadó T-limfociták, makrofágok, ellenanyag-molekulák és a komplementrendszer működése következtében.
Animáció: Autoimmun folyamatok I. - a sclerosis multiplex kialakulása
Az ún. sympathiás ophtalmia esetében az egyik szemet ért sérülés következtében a keringésbe jutott szemlencse-fehérje tölti be az auto-antigén szerepét. Ez a molekula az egészséges egyénben a keringési rendszertől elzártan található, és ezért korábban az immunrendszerrel nem találkozhatott. Így nem alakulhat ki tolerancia sem ezzel a fehérjével szemben - ellentétben a szervezet többi anyagával, amit az immunrendszer sajátnak fogad el és nem támad meg. (Ezek az immunreakciók többnyire ugyanúgy zajlanak le, mint akkor, amikor káros anyag - például kórokozó mikroba - ellen irányulnak.)
Animáció: Autoimmun folyamatok II. - a sympathiás ophtalmia kialakulása
Az immunrendszer fokozott működése okozza az allergiás reakciók kialakulását. Ma már népbetegségnek is nevezhetjük ezt a túlérzékenységi reakciót, mivel minden ötödik embert érint.