A film cselekményének helyszíne Rio de Janeiro gettója. A történet két fiú életét követi nyomon 15 éven keresztül, a hatvanas évektől a nyolcvanas évek elejéig. A fiúk élete a legkülönbözőbb irányba halad, egyikük fotós lesz, másikuk drogdílerként tengeti napjait.
A film a Ponyvaregény stílusában, rövid történetek sorozatán keresztül mutatja be a nyomornegyed lakóinak sokszor igencsak rövid életét. A sztorit Buscape, a gettó egyik lakója meséli el, az ő narrációjában bontakozik ki a történet. A film igazi főszereplője maga a hely, az Isten városa Rio de Janeiro legmélyebb bugyra, a karneválok városának egy olyan negyede, ahol a fiatal gengszterbandák uralják az utcát.
Az Isten városa három korszakon keresztül kíséri végig a szereplők életét. A hatvanas évek-epizódban a narrátor Buscape a külvárosi kissrácok átlagos életét éli. A 11 éves kisfiú megfigyel egy fotóst munka közben, és ennek az epizódnak a hatására határzozza el, hogy felnőttként ő is ezt a pályát választja. A lakótelep egy másik kis lakója, Dadinho viszont a város legnagyobb és leghírhedtebb bűnözője szeretne lenni. Céljára már kisfiúként is törekszik, zsenge kora ellenére apróbb megbízásokat teljesít a helyi bűnbandának, példaképe a galeri vezére, Cabeleira, akinek megbízásából Dadinho gyilkossá válik.
A hetvenes években a két fiú története tovább folytatódik. Buscape tanul, néha alkalmi munkát vállal, tisztességes életre törekszik, azonban a nyomornegyed lakói számára csak a legritkább esetben adatik meg a kitörés lehetősége. Dadinho kisstílű banda nagyravágyó vezéreként felfedezi a drogban rejlő anyagi siker lehetőségét, hamarosan felvirágoztatja a kábítószer-kereskedelmet a negyedben.
A nyolcvanas évekre mindkét fiú eléri a célját: Buscape fényképezőgépet lop magának, így végre fotózhat, míg Dadinho kis Zé néven a város legrettegettebb gengszterévé válik. Az Isten városában félelem és tisztelet övezi. Bandájába gyerekkori barátait válogatta össze, gyilkos tisztjei pedig a nyomortelep tétlenül lézengő kiskamasz fiataljai közül kerülnek ki. A két fiatalember élete egybefonódik, mikor Kis Zé megerőszakolja Buscape barátnőjét, aki bosszút esküszik, s hamarosan egy elszánt fiatalokból álló banda élén hadjáratot indít Dadinho ellen, és megkezdődik végzetes háború...