Az adóhatóság működése szempontjából hatalmas dilemmát jelent az ellenőrzésre szánt kapacitásának elosztása, ugyanis évről-évre több adóalany jelenik meg az APEH nyilvántartásában. Ez utóbbi miatt igencsak nagy jelentősséggel bír, hogy mely adózói körök, illetve konkrétan mely adózókra fordítják az ellenőrzési kapacitás viszonylag behatárolt körét. Az APEH dolgát csak tovább nehezíti, hogy az ellenőrzési lehetőségeinek egy részét már eleve lekötik, ugyanis különböző jogszabályok kötelező revíziókat írnak elő.
Az APEH közleménye szerint a megmaradt kapacitást két fő szempont szerint próbálja elosztani az adóhatóság:
A legnagyobb adózóknál a legkisebb hiba elkövetése is jelentős összegű adóbevétel kiesésével járhat, ezért az úgynevezett kiemelt adózói kör tekintetében mindig is magas ellenőrzöttségi szintre törekedett az adóhatóság. A gyakori ellenőrzést igénylő adózói kör meghatározása érdekében, és az adózók nagyságrendi besorolására központi osztályozó rendszert működtet a hivatal, amely évente, a megelőző év gazdálkodási adatai alapján kategóriákba sorolja az adózókat.