Ellenőrizte az Állami Számvevőszék (ÁSZ) a NAV működését. Az ellenőrzés hiányosságokat tárt fel a belső szabályozottság területén, az irányítási eszközök aktualizálásánál, továbbá a kockázatkezelési rendszer és az ellenőrzési nyomvonalak kialakításával kapcsolatban is.
Az adó és a vám nyilvántartott hátraléka 2009. és 2013. között 8,8 százalékkal, 2078,5 milliárdról 2260,9 milliárd forintra nőtt. Az összeg 97,1 százaléka adóhátralék volt. A hátralékállomány emelkedésének ütemét mérsékelte, hogy az ellenőrzött időszakban közel 3800 milliárd forint hátralékot töröltek elévülés, behajthatatlanság, tartozásmérséklés miatt, illetve a felszámolási eljárásokhoz kapcsolódóan. Ezek mellett az adóhatóság 2009. és 2013. között évente 232,8-204 milliárd forint olyan működői adózói hátralékállományt mutatott ki, amelynek hátralékkezelése érdekében nem tett intézkedéseket.
Az ellenőrzött időszakban a hátralékbeszedés romlott, mivel (a jelentős mértékben, évről-évre végrehajtott törlések ellenére) emelkedett a hátralékállomány nagysága, ezen belül pedig nőtt a beszedés szempontjából kedvezőtlenebb helyzetű és nem működő cégek hátralékénak aránya.
Az ÁSZ megállapította, hogy nem történt meg az adó- és vámszakmai területeken külön-külön alkalmazott folyószámlarendszerek egységesítése. Az egységes, NAV-szintű eljárási szabályok hiánya megmutatkozott a hátralékkezelési és a végrehajtási eljárási feladatok ellátása során is.
Az ÁSZ minden évente ellenőrzi a NAV-ot, az elmúlt években az ellenőrzései során tapasztalt kockázatokat összegezve döntött a szervezet arról, hogy ezúttal a NAV több tevékenységi területére vonatkozó ellenőrzést fog tartani.
A 2009. január 1-jétől a 2013. december 31-éig tartó időszakot ellenőrizték, a következő területeket:
Emellett a 2011. február 8-tól a 2014. április 30-ig terjedő időszakra ellenőrizték az Eurofisc rendszert, amit áfa csalások megelőzésére hoztak létre.