Az amerikai igazságügyi minisztérium is vádat emelt a washingtoni sorozatgyilkos ellen. A szövetségi ügyészek a marylandi Greenbeltben nyújtottak be 20 vádpontból álló vádindítványt John Allen Muhammad ellen. A 20 vádpont közül hét alapján halálbüntetéssel sújtható a sorozatgyilkosság feltételezett elkövetője. A vádban nem szerepel az Öböl-háborús veterán 17 éves társának, John Lee Malvónak, a neve, mivel ő még kiskorúnak számít.
A minisztériumi ügyészek a Washington környékét három hétig rettegésben tartó sorozatgyilkosságok tíz halálos áldozata közül hetet róttak fel John Allen Mohamednek. A fennmaradó hármat - a virginiai támadásokat - nem foglalták bele a vádba.
Muhammad és Malvo ellen korábban már vádat emeltek Maryland és Virgia államban is. A megyei bíróságok között vita folyik arról, hogy hol vonják először felelősségre a két orvlövészt, s azzal licitálnak egymásra, hogy hol biztosabb a halálos ítélet mindkettőjük számára. Virginiában mindkét személy halálos ítéletét szorgalmazzák.