Míg az első két fordulóban külön-külön, addig a 3. fordulóban már együtt szavazott a két ház, s a győzelemhez az egyik jelöltnek a szavazatok egyszerű többségét kellett megszereznie. A 281 képviselő és szenátor közül a 3. fordulóban Klausra 113-an, míg Pithartra 84-en szavaztak. A győzelemhez viszont bármelyiküknek 141 szavazatot kellett volna szereznie.
Az államfőválasztás megismétlésének időpontjáról később születik döntés. A hatályos törvények szerint 30 napon belül kell megismételni a választást, amely újból háromfordulós lesz, s mind az eddigi, mind új jelöltek indulhatnak rajta. Ugyanakkor az sem kizárt, hogy a parlament megváltoztatja az alkotmánytörvényt, s a jövőben a parlamenti választás helyett bevezeti a közvetlen elnökválasztást.
Az ellenzéki polgári demokraták jelezték, hogy a megismételt államfőválasztáson ismét Václav Klaust kívánják indítani. A kormányzó szociáldemokraták nagyon megosztottak. Ennek ellenére bizonyos meglepetés, hogy a választáson nagyon gyengén szerepelt Jaroslav Bures, szociáldemokrata jelölt, akit még saját pártja képviselői és szenátorai sem támogattak maradéktalanul. Megfigyelők szerint ez nemcsak a szociáldemokraták belső megosztottságának bizonyítéka, hanem annak is, hogy a párt egy része mindenképp Milos Zemant szeretné államfőnek. Zeman azonban csak a megismételt választáson lenne hajlandó indulni, ezért hívei megpróbáltak úgy játszani, hogy az első választás sikertelen legyen. Ez a jelek szerint sikerült is nekik. A kommunisták elégedettek jelöltjük szereplésével. Jelezték: bizonyos feltételek mellett az ismételt választáson hajlandók lennének Zemant támogatni. A kereszténydemokraták vezetői úgy nyilatkoztak: jelöltjükről később döntenek, s nem biztos, hogy az ismét Petr Pithart lesz.
Václav Havel a sikertelen választás után kijelentette: kár ugyan az elszalasztott lehetőségért, de semmiféle katasztrófa nem történt.