E fejezetnél a legfontosabb EU-intézményekkel kapcsolatos kérdéseket vitatták meg (Európai Bizottság, Miniszterek Tanácsa, Európai Parlament, Európai Bíróság, Európai Gazdasági és Szociális Bizottság, Régiók Bizottsága).
Miniszterek Tanácsa
A Tanács a tagállamok kormányainak képviselőiből álló döntéshozó szerv, a tagállamok érdekképviseleti intézménye. A Tanács jogi értelemben egységes, de különböző formációkban ülésezik. Az Általános Ügyek Tanácsának van felhatalmazása arra, hogy a különböző szakminiszteri tanácsok tevékenységét koordinálja
Az Európai Tanács (EiT) az EU állam- és kormányfőinek testülete. Szigorú jogi, formális értelemben az EiT nem a Tanács egyik formációja, sőt nem is közösségi intézmény, az Európai Uniós Szerződés külön cikkelyben rendelkezik róla. A gyakorlatban azonban az elmúlt húsz év során fokozatosan az Unió csúcsszervévé, a legjelentősebb politikai döntések fórumává vált, de jogszabályt nem alkot.
A csatlakozási tárgyalások során Magyarország számára a hozzá hasonló népességű tagállamokal azonos számú, 12 szavazatot állapítottak meg. A 25 tagállam összes szavazatainak száma 321, a szerződésekben rögzített súlyozási rendszer a minősített többségi döntések esetében érvényesül. Az 1. melléklet tartalmazza, miként oszlanak meg a szavazatok a tagországok között. Legalább 232 szavazatra és a tagállamok több mint felének támogatására van szükség a döntések elfogadásához, amikor a határozatokat az Európai Bizottság javaslatára hozzák. Minden más esetben a Tanács minősített többségi döntéséhez a tagállamok legalább kétharmadától szárnmazó 232 szavazatra van szükség.
Ha a tanács minősített többséggel hoz döntést, bármelyik tagállam kérheti annak igazolását, hogy a minősített többséget alkotó tagállamok együtt az EU teljes lakosságának legalább 62 százalékát képviselik. Ez további érvényességi feltétel a döntéshozatalhoz.
Európai Bizottság
A bizottság az EU döntés-előkészítő, javaslattevő szerve, amely ellenőrző, képviseleti és bizonyos esetekben döntéshozó-végrehajtó feladatokat is ellát. A Bizottság szupranacionális intézmény, amelynek jogi és elvi értelemben a tagállami kormányoktól függetlenül, az Európai Unió nemzetek feletti, közös érdekét kell képviselnie. Vezető testülete a Bizottság Kollégiuma, amelynek tagjai között a feladatokat szakterületenként osztották fel. A bizottsági tagok alá szakterületenként tagolt hivatali apparátus tartozik. Jelenleg húsz biztos van, a csatlakozást követően azonban a biztosok száma 25-re növekszik. A bizottságot ötéves hivatali időszakra jelölik ki, az Európai Parlament hozzájárulásával. Magyarország a csatlakozás napjától kezdve - a többi tagállamhoz hasonlóan - egy magyar állampolgárságú tagot jelölhet a Bizottságba.
Európai Parlament
Az Európai Parlament az unió állampolgárai által közvetlenül, öt évre választott képviselőtestület, amelynek fő feladata, hogy - a tagállami érdekeket megjelenítő tanács és a közösségi érdekeket megtestesítő bizottság mellett - az unió állampolgárait képviselje az EU-döntéshozatalban. Míg a nemzeti parlamentek a legfelsőbb államhatalmi és népképviseleti szervek, addig az Európa Parlament nem tölt be ilyen szerepet, ezt a funkciót alapvetően a tanács látja el. Magyarországnak 24 képviselői helye lesz a 2004-2009 közötti időszakban, a többi hasonló nagyságú tagállamhoz hasonlóan.
Európai Bíróság
Az Európai Bíróság ítélkezésével biztosítja, hogy az EU-jogot egységesen értelmezzék és alkalmazzák minden tagállamban. Felügyeli az uniós jog betartását, és ellenőrzi, hogy a különféle EU-intézmények a jogszabályok szerint járnak-e el. A bírói létszámot az eddigi tizenötről huszonötre emelték, és Magyarország is jelölhet egy tagot a bírói karba. Ugyanígy egy magyar bíró tevékenykedik majd az EU Elsőfokú Bíróságánál is.
Egyéb intézmények
A többi EU-intézménynél is egyenlő jogokat biztosító megállapodás jött létre Magyarország részvételének feltételeiről. Meghatározták, hány tagot delegálhat hazánk a Gazdasági és Szociális Bizottságba (tizenkettőt), amely az unió gazdasági és szociális érdekcsoportjainak véleményét juttatja érvényre az EU-döntéshozó szerveknél. Meghatározták a magyar tagok számát a Régiók Bizottságában is (ugyancsak tizenkettő). Ez a testület teszi lehetővé, hogy a helyi és regionális szervek közvetlenül beleszólhassanak az EU-szervek munkájába.
Megállapodás született a Központi Bankok Európai Rendszere és az Európai Központi Bank intézményi kérdéseiről is. Ezek az intézmények kiemelkedő szerepet játszanak az unió pénzügyi politikájának meghatározásában és az euróval kapcsolatos feladatok ellátásában. Bár Magyarország az euró - zónához csak később fog csatlakozni, az EU-csatlakozással a Magyar Nemzeti Bank (MNB) már tagja lesz a Központi Bankok Európai Rendszerének. Az MNB elnöke tagjává válik az Európai Központi Bank Általános Tanácsának, amely a bank igazgatótanácsa elnökéből és alelnökéből, valamint az összes EU-tagállama központi bankjának elnökeiből áll - függetlenül attól, hogy bevezették-e a közös valutát vagy sem. Amikor Magyarország végül bevezeti az eurót, az MNB-elnök tagja lesz az Európai Központi Bank Kormányzótanácsának, amely kijelöli a tagállami központi bankok tevékenységének fő irányait.