Krenzet 1997-ben hat és fél év szabadságvesztésre ítélték azzal a váddal, hogy felelősség terheli az egykori német-német határon agyonlőtt keletnémet menekülők haláláért. Krenz felelősségét négy konkrét eset kapcsán vizsgálták. A volt politikus 2000 januárjában kezdte letölteni büntetését, s napközben már huzamosabb ideje kijárhatott a fegyházból. Krenz a kiszabott hat és fél év büntetésből alig négyet töltött fogságban.
Krenz többször is fellebbezett az ítélet ellen, többek között az Emberi Jogok Európai Bíróságán, de az európai bírák jóváhagyták a német döntést. Utoljára októberben kérvényezte szabadon bocsátását, de az illetékes berlini bíróság "a bűn súlyossága" miatt nem adott helyt a kérelemnek. Krenz ügyvédje, Robert Unger megfellebbezte a határozatot, s a felsőbb szint a 66 éves volt keletnémet vezető feltételes szabadlábra helyezése mellett döntött. Az indoklás nem ismert.
Unger azt hangsúlyozta, hogy nem amnesztiáról van szó, nem részesítették kegyelemben védencét. Az ügyvéd érvelése megfelel Krenz felfogásának: sohasem kegyelmet akart, hanem igazságot. Szerinte egyszerűen azért ítélték el, mert az NDK magas rangú képviselője volt, úgymond a győztesek ültek fölötte bírósági tort.
Ügyvédje csütörtökön arról is beszélt, hogy miközben Krenzet börtönbe csukták, Mihail Gorbacsovot, "a Varsói Szerződés korábbi főparancsnokát megtették Berlin díszpolgárának". A volt keletnémet vezetők az 1989-es fordulat után azzal az érvvel is védelmükbe vették a szigorú határőrizeti rendet, hogy az NDK-határ a Varsói Szerződés határa is volt egyben.