Gotovina azóta menekül az igazságszolgáltatás elől, hogy a hágai Nemzetközi Törvényszék 2001-ben vádat emelt ellene. Zágráb váltig állítja, hogy a feltételezett háborús bűnös elhagyta az országot, Carla del Ponte, a törvényszék főügyésze szerint azonban a volt tábornok Horvátország és a vele szomszédos Bosznia között ingázik.
A Globus című horvát hetilap értesülése szerint a Carlos 1994-es szudáni elfogásában is szerepet játszó Philippe Rondot Közel-Kelet-specialista vadászik titokban Gotovinára. Sem a zágrábi francia nagykövetség, sem a francia védelmi minisztérium, sem pedig a horvát kormány nem volt hajlandó magyarázatot fűzni a lap állításához.
A sok horvát által nemzeti hősnek tekintett Gotovina a vádak szerint felelős 150 krajinai szerb haláláért, akiket 1995-ben, a szerb ellenállók kezén lévő Krajina horvát visszahódítása idején öltek meg. Akkoriban Gotovina a horvát haderők parancsnoka volt.