Gotovina a horvát kormány kezességvállalását csatolva kérvényezte a volt Jugoszlávia területén elkövetett háborús bűnöket vizsgáló ENSZ-törvényszéktől, hogy horvátországi házi őrizetben tölthesse a pere kezdetéig hátra lévő időt.
A hágai székhelyű testület azonban úgy ítélte meg: fennállna a veszély, hogy Gotovina megszökik a horvátországi házi őrizetből.
Gotovinát azzal vádolja a hágai törvényszék, hogy felelősség terheli az 1995-ben a horvátországi területek visszafoglalására indított Vihar hadműveletben megölt 150 horvátországi szerb haláláért és további legalább 150 ezer elűzéséért. Az extábornok, - aki hazájában sokak szemében nemzeti hős - tagadja a vádakat.
2001-ben emeltek vádat ellene, és szökésben volt 2005-ig, amikor is a Kanári-szigeteken elfogták. Egyelőre nem tűzték ki tárgyalásának időpontját.