Az újságíró-gyilkosság nyomozása során korábban többeket őrizetbe vettek és vizsgálati fogságban tartottak, de az eljárás három ember kivételével a többiről bebizonyította, hogy nincs közük Politkovszkaja megöléséhez. Az eljárás jelenlegi három vádlottja Szergej Hadzsikurbanov, valamint Dzsabril és Ibrahim Mahmudov.
A nyomozásról Vlagyimir Markin, a legfőbb ügyészség mellett működő nyomozati bizottság szóvivője adott tájékoztatást, azt azonban nem közölte, hogy a három nevesített vádlottnak pontosan mi lehetett a szerepe a gyilkosságban, és arról sem beszélt, hogy mi motiválhatta az újságíró megölését. A bizottság tájékoztatása szerint egy negyedik vádlottja is van az ügynek, aki a biztonsági szolgálatnál dolgozik, és aki ellen hivatali visszaélés a vád. A gyilkos fegyver elsütésével egy Rusztam Mahmudov nevű férfit gyanúsítanak, aki azonban szökésben van.
Anna Politkovszkaja a csecsenföldi konfliktus okainak és alakulásának, az emberi jogok csecsenföldi megsértéseinek feltárásával, a témáról szóló oknyomozó cikkekkel szerzett hírnevet. 2006. október 7-én ölték meg annak a háznak a kapualjában, ahol lakott. Halála külföldön nagy visszhangot váltott ki, de Oroszországot nem rázta meg igazán az eset a BBC tudósítója szerint.
A megölt újságírónő kollégái és családtagjai folyamatosan követelik, hogy ne csupán a gyilkosságot végrehajtókat találják meg és ítéljék el, hanem a megrendelőket is. Az utóbbiakról egyelőre nem sokat tudni, bár Dmitrij Dovgij, a nyomozati bizottság egyik vezetője állásából való felfüggesztése után egy interjúban azt mondta: a megrendelő Borisz Berezovszkij Londonban élő orosz milliárdos, és "a cél Politkovszkaja eliminálása mellett legalább annyira a rendvédelmi és az igazságügyi szervekkel szembeni bizalom aláásása volt".