A főparancsnokság közleményben arról tájékoztatott, hogy az eseményeket két, autóba rejtett pokolgép robbanása előzte meg Quitóban.
A robbanásokban senki nem sebesült meg.
Juan Zapata belügyminiszter közölte: az őrök és a rendőrök a délnyugati Cuencában lévő börtönökben kerültek fogságba.
Az intézményekben már szerda óta zajlanak tiltakozások, a hatóságok szerint a lázadások egyes foglyok más börtönökbe történő átszállítása miatt törtek ki.
Az intézkedésre a főparancsnokság szerint azért volt szükség, hogy elejét vegyék a börtönökben a bűnbandák között elharapódzó erőszaknak.
Wagner Bravo, a latin-amerikai ország nemzetbiztonsági tanácsának elnöke azt mondta, hogy az egyik elszállított fogolynak a gyanú szerint köze volt az ecuadori elnökválasztás egyik jelöltje, Fernando Villavicencio meggyilkolásához.
Az ecuadori kormány július végén 60 napra szükségállapotot hirdetett az ország börtöneiben terjedő, halálos áldozatokat is követelő erőszakhullám miatt.
Ennek keretében akár a hadsereget is be lehet vetni a rend helyreállítására.
Közbiztonság szempontjából Ecuador Latin-Amerika egyik legveszélyesebb országának számít.
Guillermo Lasso elnök többször hirdetett szükségállapotot az elmúlt években az erőszak megfékezése érdekében.