Az argentin labdarúgás legifjabb szupersztárja 1988. június 2-án született Buenos Aires Flores nevű negyedében. Sergio a család második gyermeke, akit még további öt követett. A népes família argentin szinten a középosztályba tartozott, tehát szó sem volt arról, hogy szegények lettek volna, ám az édesapa munkahelyének változásai miatt (a papa sofőrként dolgozott) viszonylag gyakran kellett költözniük a városon belül.
A család így rövid ideig élt González Catánban, majd Florencia Varelában, és végül Quilmesben is. A kis Sergiónak két szórakozása volt: naplemente előtt az utcán kergette a labdát a környék földes pályáin, majd miután a sötétség miatt ez már nem volt lehetséges, hazament tévét nézni. Főleg a japán rajzfilmek voltak a kedvencei, és az egyik ilyen sorozat szereplője után kapta a Kun becenevet nagypapájától.
A környéken hamar híre ment, hogy van egy elképesztően ügyes fiú, aki fantasztikusan bánik a labdával, és a kis Agüero megfordult pár helyi gárdában is: a quilmesi Loma Alegrében, illetve a berazategui Los Primosban. A papa azonban szerette volna, ha tehetséges fiacskája egy komolyabb klubhoz kerül, és legnagyobb szerencséjére ismerősei között volt egy Eduardo González nevű újságíró, aki jó kapcsolatot ápolt az Independiente elnökségének tagjaival.
Leonardo Agüero majd egy évig győzködte a zsurnalisztát, hogy nézze meg a fiát, aki végül kötélnek állt, és ezt követően rögtön beajánlotta a srácot a Vörös Ördögöknél - akik azonnal lecsaptak rá.
Kun akkor mindössze kilencesztendős volt, de nem kellett sok idő ahhoz, hogy a patinás egyesületnél is kiemelten foglakozzanak vele. Pár évvel később már az úgynevezett kilencedik vonalban szerepelt, ami a 14 évesek korosztályát jelenti Argentínában, és ezt az együttes rögtön bajnoki címre is vezérelte. Egy évre rá már a nyolcadik divízióban kergette a labdát, ami még mindig elég messze van az első csapattól (az argentin szisztéma szerint a harmadosztálytól lefelé a különböző korosztályos gárdák játszanak), de Agüerónak nem kellett végigjárnia a szamárlétrát.
A 2003-as clausura utolsó fordulójában az Independiente, amely az aperturát megnyerte, de a szezon második felében pocsékul szerepelt, a San Lorenzót fogadta, és az összecsapásnak tulajdonképpen már egyik csapat számára sem volt tétje. A Vörös Ördögök mestere, az 1986-os világbajnok Óscar Ruggeri pedig gondolt egy merészet, és felhívta a felnőttek közé Kunt, és a 66. percben be is cserélte az ifjú titánt Emanuel Rivas helyére.
Mindez egyben azt jelentette, hogy Agüero új rekordot állított fel hazájában, és 15 évesen és 43 naposan az argentin élvonal történetének legfiatalabb újonca lett. És hogy ki tartotta az előző csúcsot? Bizonyos Diego Armando Maradona...