Abban semmi meglepő sincs, hogy az 1973. augusztus 19-én született Marco Materazzi futballistának állt, hiszen édesapja, Giuseppe is labdarúgóként kereste kenyerét (fia születésekor éppen Leccében szerepelt, így Marco ott látta meg a napvilágot), majd visszavonulását követően edzőnek állt. Az élvonalban először az 1987-88-as idényben kapott munkát, amikor a Pisát irányította, majd a következő két szezonban a Lazio mestere volt. Nem csoda, hogy Marco is a római egyesület híve lett, és gyakran az ultrák között szorított a csapat sikereiért. Giuseppe 1990 nyarán Messinában kapott munkát, és természetesen a család is vele költözött, így aztán az ifjabb Materazzi itt kezdett el komolyabban futballozni, de egy évvel később visszatért a fővárosba - nem valamelyik nagy klubhoz, hanem az alacsonyabb osztályban szereplő, amatőr Tor di Quintóhoz.
Két esztendőt húzott le ott, majd 1993 nyarán továbbállt a Marsalához, amely akkoriban szintén az amatőrök között szerepelt, mivel egy évvel korábban esett ki a legalsó profi ligából, a Serie C2-ből. Materazzi a marsalai gárdában hamar alapember lett, és középhátvéd létére négy gólt is szerzett, amelyek közül az egyik egészen különleges volt: a Bagheria elleni, idegenbeli bajnokin 1-0-s vezetésnél csapata teljesen beszorult a kapuja elé, és hősiesen védekezett, amikor egy beívelést Materazzi a tizenhatos előterében kétségbeesetten kivágott, a labda pedig mintegy 70 métert szállt a levegőben, és a kinn álló hazai kapus feje felett a hálóba repült.
Az ifjú hátvéd az 1994-95-ös idényt töltötte először profi klubban, de új egyesülete, a Trapani is csak a negyedik vonalban szerepelt. Az ekkor 21 éves Materazzi ráadásul sérülés miatt viszonylag keveset játszott, mindössze 13 bajnokin lépett pályára, de ez is elég volt ahhoz, hogy az alacsonyabb osztályokban előszeretettel halászó AC Perugia 1995 nyarán szerződést kínáljon neki.