A spanyol középpályásnak még áprilisban sérült meg az egyik szalag a térdében, most pedig rásérült, a szakadás miatt műtét vár rá, és nem lehet ott a világbajnokságon.
Guardiola beleegyezett, hogy Thiago Spanyolországban kezeltesse a korábbi sérülését, ez Müller-Wohlfahrtnak nem tetszett, és rosszallását fejezte ki a rehabilitációval kapcsolatban, majd kritizálta az edzőt, amiért siettette játékosa visszatérését.
A mostani nem az első súrlódás a felek között, a szezon elején is kirobbant egy konfliktus, amit végül Matthias Sammer sportigazgató simított el. Guardiola azt szerette volna elérni, hogy Müller-Wohlfahrt folyamatosan a Bayern sportkomplexumában legyen, ezáltal mindig elérhető, ha a játékosoknak bármilyen problémája van, de az orvos azt válaszolta, az a szokás, hogy a játékosok felkeresik őt a rendelőjében, ha szükségük van rá, minden más esetre ott vannak a fizikoterapeuták.
Az ügy vége az lett, hogy Müller-Wohlfahrt győzött, és maradt minden a régiben.