A Werder utoljára még Otto Rehhagel keze alatt, 1995-ben végzett a dobogón a Bundesligában, ám a legendás mester távozása után a klub a középmezőnybe süllyedt vissza, sőt, 1999-ban a kiesés is fenyegette. Ettől végül Thomas Schaafnak sikerült megmentenie a brémaiakat, és a trénernek azóta sikerült visszavezényelnie az együttest a német bajnokság középmezőnéynek elejére. A szakember irányításával a Werder minden szezonban jobban végzett, mint egy évvel korábban, és ez a legutóbbi pontvadászatban már a hatodik pozíciót jelentette. A nyáron azonban a csapat két legjobbja, a kapus Frank Rost és a középpályás Thorsten Frings is távozott, vagyis a szezon előtt a célkitűzés ugyanaz maradt, ami az előző két idényben is volt, vagyis az UEFA-kupába való kijutás.
A bajnokság kissé felemásan kezdődött a brémaiak számára, hiszen az első két idegenbeli mérkőzésen kikapott a gárda, ám Allofsnak franciaországi kapcsolatait kihasználva (egykoron az AS Monacóban is kergette a labdát) sikerült aprópénzért megszereznie a gall középpályás, Johan Micoud-t, és ezzel megütötte a főnyereményt. Az Európa-bajnok futballista vezérletével ugyanis a Werder valósággal megtáltosodott, a francia középpályás remekül megtalálta az összhangot Lisztes Krisztiánnal, valamint a két csatárral, a brazil Aíltonnal és a nyáron szerződtetett görög Angelosz Hariszteasszal, és 13 fordulót követően a harmadik helyet foglalja el a Bundesligában. Ennek hatására a Werder módosította az eredeti célkitűzést, és Allofs a Kickernek adott nyilatkozatában nyíltan kijelentette: a klub célja immár a Bajnokok Ligája.
A megnövekedett ambíció első jele, hogy a Werder szerződést hosszabbított csapatkapitányával, a válogatott védő Frank Baumannal. A játékos 1999-ben érkezett a Nürnbergtől, és egyenletesen jó teljesítménye nem csak a szövetségi kapitányok figyelmét keltette fel, hanem két másik élklubét, a Bayer Leverkusenét és a Borussia Dortmundét is. E két egyesület a nyáron nagy versenyfutást folytatott Fringsért, ám úgy tűnik, hogy a brémaiak immár elég erősek ahhoz, hogy megtartsák értékeiket. Baumann ugyanis 2006-ig elkötelezte magát a zöld-fehérekhez, és kijelentette: "A Werdernek fiatal csapata van, amellyel még sok sikert elérhetünk".
Az egyetlen problémának a csapatnál a kapusposzt tűnik, a brémaiaknak ugyanis egyelőre nem sikerült megtalálni a nyáron távozott Rost utódját. A klubot a holtszezonban több portással is kapcsolatba hozták, ám a vezetőség végül úgy döntött, hogy házobón belül igyekszik orvosolni a gondot, és bízik a két meglévő hálóőrben, Pascal Borelben és a lengyel Jakub Wierczhowskiban. Kettejük közül Borel lett az első számú kapus, de teljesítmémyével a drukkerek nincsenek megelegédve, és a legutóbbi hazai találkozón, a Kaiserslautern ellen többször is kifütyülték. Schaaf mester azonban egyelőre kitart mellette, és Klaus Allofs szerint egyáltalán nem került szóba, hogy a télen új hálóőrt igazolnának. Kérdés, ugyanez lesz-e a véleménye, ha Borel néhány bakija túl sok pontba kerül majd a csapatnak.