A mainzi gárda az őszi szezon során a Bundesliga egyik legszimpatikusabb együttese volt: a kiscsapat újoncként is a rövid passzos támadójátékot erőltette, fő erénye pedig a csapategység volt, és ennek köszönhetően a gárda meglepően jól szerepelt. Az évet a 11. pozícióban zárta az FSV Mainz, és akár előkelőbb helyen is telelhetett volna, de az utolsó három tavalyi bajnokiját elveszítette az együttes.
A téli szünetben Jürgen Klopp edző igyekezett tovább erősíteni a játékoskeretet: eladta ugyan az ősz egyik nagy felfedezettjét, a marokkói származású, ám német utánpótlás-válogatott középpályást, Mimount Azaoughagot az FC Schalke 04-nek, de a helyére szerződtette a Bayer Leverkusen focistáját, Hanno Balitschot, és visszatért az együtteshez a klubot 2004 nyarán elhagyott csatár, Michael Thurk is.
A tavaszi idény azonban rémálomszerűen kezdődött, az évet négy vereséggel nyitotta a gárda, és ennek következtében biztos középcsapatból visszaesett a kiesőjelöltek közé. Klopp azonban ennek ellenére sem esett kétségbe, és nem változtatott elvein, mondván, együttese egyáltalán nem futballozik rosszul, és ő a derűlátó életszemlélet híve.
A várva várt fordulópont pedig hamarosan el is érkezett, amelyhez persze az is kellett, hogy a 24. játéknapon a mélyponton lévő SC Freiburg legyen az ellenfél. A sereghajtót hazai pályán 5-0-ra sikerült legyőzni, és ez a diadal új lendületet adott a csapatnak, amely a következő körben a Werder Bremen ellen idegenben szerzett nagyon értékes pontot, majd nagy meglepetésre hazai pályán az akkor listavezető FC Schalke 04-et is legyőzte. Ezt ugyan megint egy kisebb hullámvölgy követte, amely két elveszített mérkőzésből állt, ám a bajnoki hajrá pazarul sikerült a gárda számára, utolsó öt erőpróbájából ugyanis a Mainz négyet megnyert, és ezen öt találkozón összesen 15 gólt ért el.
A visszatért önbizalom mellett ehhez az is kellett, hogy Klopp kissé módosított a taktikán: az addig alkalmazott klasszikus 4-4-2-es felállás helyett a gárda inkább 4-5-1-es formációt alkalmazta, amelyben a középpályán három játékosnak elsősorban a védekezés, kettőnek pedig leginkább a támadás volt a fő feladata. Utóbbi szerepkörben legtöbbször olyan futballisták játszottak, akik papíron csatárnak számítanak: Niclas Weiland és Thurk, aki valósággal lubickolt ezen a poszton, az Energie Cottbusból visszatért támadó fél szezon alatt hatszor volt eredményes, és két gólpasszt is adott - és ezzel a házi góllövőlistán Benjamin Auerrel és Fabian Gerberrel holtversenyben az élen végzett. A csapat pedig fokozatosan egyre feljebb lopakodott a tabellán, és végül 11. lett, amivel maximálisan megvalósította a szezon előtt kitűzött célt, vagyis a biztos bennmaradást.
Menet közben pedig megkezdődött a felkészülés a következő idényre: első lépésként a trénerrel hosszabbítottak szerződést (a szakember 2006-ig írt alá), majd sorra következtek a kulcsemberek: a kapus Dimo Wache, a balhátvéd Marc Rose, valamint a középpályás Antonio da Silva és Gerber (ők 2007-ig kötelezték el magukat), illetve Auer, aki csak újabb egy évet "vállalt be". A télen érkezett Balitschra nem tartottak igényt, ő ugyanis nem tudott beilleszkedni a csapatba: nem futballozott ugyan rosszul, de amikor Klopp kihagyta a kezdők közül, rögtön "reklamálni" kezdett, márpedig ez Mainzban nem szokás, a kiscsapatnál mindenki tisztában van azzal, hogy a klub jó szereplése az elsődleges.
Utóbbi elvből következik, hogy az egyesület az erősítéseknél sem elsősorban a "nagy nevekre" hajtott rá, az eddigi szerzemények közül ketten is a második vonalból érkeztek. A cseh középpályást, Petr Rumant a Greuther Fürthtől vették meg közel 150 ezer euróért: a fürthi focista a legutóbbi idényben hatszor volt eredményes, az azt megelőző szezonban viszont egymaga 16 találatot ért el a Bundesliga 2-ben. A szerb Milorad Pekovic ingyen érkezett az Eintracht Triertől, ő amolyan klasszikus irányítónak számít, és az egyetlen ismertebb focista az igazolások között a Borussia Dortmundtól megvett Otto Addo volt - nála viszont az jelenti a rizikót, hogy a ghánai csatár három térdszalagszakadáson van túl; a legutóbbit 2003 szeptemberében szenvedte el, és csak nemrég épült fel.
Amikor ők aláírtak a Mainzhoz, még csak reménykedhettek abban, hogy a csapat ott lesz az UEFA-kupában. Az európai szervezet összesen három induló helyet oszt ki a legsportszerűbb szövetségek között: egyet a fair-play-tabellát vezető norvégok kaptak, kettőt pedig a második-hetedik helyen végzettek között sorsolnak ki - és a szerencse ezúttal a németeknek kedvezett, a szövetség pedig a Mainzot nevezte a sorozatra. A kiscsapat tehát első élvonalbeli idényét követően rögtön kiléphet a nemzetközi kupaporondra.