Nakata - az első japán futballista, aki pályára lépett a Serie A-ban - 1998-ban a Perugiában kezdte olaszországi pályafutását, és 33 mérkőzésen 10 gólt szerzett, majd az AS Romához igazolt, és a fővárosi együttessel a 2000/2001-es idényben bajnok lett. Később a Parma és a Bologna csapatát erősítette, végül a Fiorentina igazolta le tavaly júliusban.