A válogatottal nem jutott ki a 2002-es világbajnokságra, pedig a selejtezők idején már a góllövésbe is belejött. Stílszerűen nemzeti színekben is egy duplával nyitott, 17. mérkőzésén Bulgária 6-0-s legyőzéséből vette ki gólokkal a részét. Megjegyzendő, a 2002. augusztusi Szlovákia elleni derbin Olomoucban is két gólt szerzett, azon a találkozón 4-1-es cseh győzelem született.
Később aztán kezdődtek a gondok Dortmundban, s ez bizony Rosicky teljesítményét is erősen befolyásolta. Klubja csődközelbe jutott, és bár továbbra is kezdőként számoltak vele, nem tudott tartósan jó teljesítményt nyújtani. Ő volt az egyik kirobbantója annak a sztrájknak, amelyet azok a renitens labdarúgók indítottak, akik a nehéz anyagi helyzetet látva sem egyeztek bele fizetésük 20%-os csökkentésébe.
Pedig akkor már korántsem ment neki úgy a játék, mint korábban. 2003 januárjában lábát, 2004 elején pedig kezét törte (sőt, abban az időszakban Tomás még egy vakbélműtéten is átesett), de a lélektelen játékot nem lehetett pusztán ezekre a sérülésekre kenni. A 2003-2004-es idényben például karácsonyig 11 mérkőzésen két gól és nulla gólpassz volt a mérlege! A német szaklap, a Kicker pedig közzétett egy statisztikát, miszerint a Borussia kétszer annyi pontot szerez a bajnokságban, ha Rosicky nem játszik.