A 2006-os világbajnokságon aztán Pirlo valódi főszereplővé lépett elő. Rögtön az olaszok első csoportmérkőzésén, Ghána ellen szépségdíjas gólt szerzett (a Francesco Totti által visszagurított szögletet egy igazítás után 20 méterről bombázta a bal alsó sarokba), és őt választották meg a mérkőzés legjobbjának.
Ezt követően az Egyesült Államok ellen gólpasszt adott Gilardinónak, és a folytatásban is igazi vezéregyénisége volt az olasz gárdának. A legjobb teljesítményt talán a németek elleni elődöntőben nyújtotta, ahol ismét csak a mezőny legjobbja lett, és az első olasz találat előtt egészen fantasztikus gólpasszt adott Fabio Grossónak. A döntőben Marco Materazzi természetesen az ő szögletét fejelte a kapuba (ez volt Pirlo harmadik asszisztja a tornán), és a büntetőpárbajban is magabiztosan értékesítette a tizenegyesét. Pedig volt abban némi rizikó, hogy Lippi őt jelölte ki az első ítéletvégrehajtónak, elvégre Pirlo korábban két tizenegyespárbajban is rontott: 2003 decemberében a Boca Juniors elleni Világkupa-, illetve a 2005-ös, Liverpool FC elleni BL-döntőn. A világbajnokságon azonban a középpályás nem tudott hibázni, a torna végén Fabio Cannavaro és Zinédine Zidane mögött őt választották a harmadik legjobb játékosnak.
A vb-cím után a BL-győzelem is összejött
Kevéssel a torna után Pirlo ismét szerződést hosszabbított a Milannál, immár 2011-ig kötelezve el magát a rossonerókhoz, amely alapján könnyen lehet, hogy már nem is fog más klubban szerepelni. Ez persze maximálisan érthető, hiszen lassan már a milánói egyesület emblematikus egyéniségének számít, nélküle a csapat szinte elképzelhetetlen. Így volt az a legutóbbi idényben is, amikor a Milan ismét elhódította a Bajnokok Ligáját, és bár a diadalt elsősorban a brazil játékmester, Kaká nevéhez szokták kötni, Pirlo nélkül a rossonerók győzelme aligha következhetett volna be.