A fiatal középpályás egyike volt annak a kevés német focistának, akik nem okoztak csalódást a kontinensviadalon, így aztán nem kis meglepetést jelentett, amikor a Bayern új edzője, Felix Magath a következő szezon elején (alighanem nevelési célzattal) az amatőrcsapathoz küldte Schweinsteigert.
A száműzetés azonban nem tartott sokáig, hiszen a negyedik fordulóban Basti már ismét a nagycsapatban szerepelt, és lassan a kezdő tizenegybe is visszaverekedte magát - amiben alighanem jelentősen közrejátszott az is, hogy a Werder Bremen elleni idegenbeli rangadón fontos gólt szerzett.
A bajnokságot végül három góllal, és ami még fontosabb, hét assziszttal fejezte be, és az új szövetségi kapitány, Jürgen Klinsmann is számított rá a nemzeti tizenegyben. Mindez a 2005 nyarán Németországban megrendezett Konföderációs-kupa szempontjából volt fontos, és Schweini a lehető legjobb pillanatban került csúcsformába: a torna előtti utolsó barátságos mérkőzésen, Oroszország ellen két gólt is szerzett, és a viadalon is a németek egyik legjobbja volt. Mindegyik meccset végigjátszotta, két találkozón is eredményes volt, és Németországban valóságos Schweini-mánia söpört végig.
A középpályás a következő szezonban ugyan gyengébb teljesítményt nyújtott a pontvadászatban, de a Bayern így is meghosszabbította szerződését, amely eredetileg 2007 nyarán járt volna le - az új kontraktus 2009-ig érvényes. Schweinsteiger természetesen a válogatottban is alapember maradt, a 2006-os világbajnokság előtti barátságos meccseken gólokkal bizonyította, hogy helye van a Nationalelfben, és a tornán az Olaszország elleni elődöntő kivételével germánok mindegyik találkozóján a kezdő tizenegy tagja volt.
Rögtön a nyitómérkőzésen gólpasszt adott Miroslav Klosének, amit az Ecuador elleni találkozón is megismételt, de a legjobb teljesítményt a Portugália elleni bronzmeccsen nyújtotta: itt két távoli bombával is betalált, és a harmadik gól is "félig" az övé volt, hiszen szabadrúgásába a luzitán Petit olyan szerencsétlenül ért bele, hogy a labda a hálóba vágódott. Ezt a találatot végül öngólként könyvelték el, de Schweini így is két góllal, illetve három assziszttal zárta a tornát, amivel a kanadai ranglistán holtversenyben a második lett.