Cissének ezúttal fél évet kellett kihagynia, és decemberben tért vissza a pályára, a Ligue 1 17. fordulójában csereként állt be az AS Monaco ellen.
A következő játéknapon már a kezdő tizenegy tagja volt, újabb egy héttel később pedig végig is játszotta az AS Saint-Etienne elleni bajnokit, és gólt is szerzett. Innentől kezdve csak pár mérkőzést hagyott ki a bajnokságban, és az eredményességére sem lehetett panasz, hiszen a pontvadászatot nyolc találattal zárta, és az OM az ő góljainak is köszönhetően a második helyen zárt.
Cissé ráadásul a francia kupa döntőjében is duplázni tudott, más kérdés, hogy a Marseille nem tudta megnyerni a finálét, hiszen az FC Sochaux kétszer is egyenlített, és tizenegyesekkel elhódította a trófeát.
Ezzel együtt teljesítményének köszönhetően megint meghívót kapott a válogatottba, és a Marseille végleg megszerezte: az Olympique nyolcmillió eurót fizetett a liverpooliaknak. Az OM-mel ismét pályára léphetett a Bajnokok Ligájában, gólt is szerzett a Besiktas ellen, de a klubnál történt edzőcsere (idény közben Albert Emont Eric Gerets váltotta) nem jött valami jól neki, a belga szakembernél ugyanis egyre többször került a kispadra, mivel a mester az egycsatáros szisztémát favorizálta, és inkább Mamadou Niangot játszatta ebben a szerepkörben.
A télen egyre több pletykát lehetett hallani arról, hogy Cissé megint klubot válthat, több angol egyesülettel, illetve a Valenciával is kapcsolatba hozták, de a klub hallani sem akart az eladásáról, és a csatár sem akart elmenni Marseille-ből.
Januárban aztán megtalálta góllövő cipőjét: az idei bajnokikon már 12 gólt ért el (az SM Caen ellen például mesterhármast vágott), és az UEFA-kupában is duplázni tudott a Zenit Szankt-Petyerszburg ellen. Nem csoda, hogy nagyon bízik benne: Raymond Domenech szövetségi kapitány behívja őt az Európa-bajnokságra utazó keretbe, és végre a nemzetközi porondon is bizonyíthat. Ennyi balszerencse után már ráférne egy kis szerencse is...
(Ami az OM dobogós - azaz BL-indulási - esélyeit illeti, két fordulóval a zárás előtt a negyedik helyen áll a Ligue 1 tabelláján, s két ponttal van lemaradva a harmadik Nancy mögött. Szombaton könnyedén előrébb léphetnek egyet a Le Mans vendégeként pályára lépő Cisséék, a Nancy ugyanis a bajnoki címért harcoló Lyon otthonában lép pályára, ahol "nem nehéz" pontokat veszíteni.)