A következő idényben ugyan valamivel kevesebb gólt szerzett (14), de egyrészt bemutatkozhatott a Bajnokok Ligájában, másrészt pedig megnyerte a francia kupát az Auxerre-rel.
Cissé alaposan hozzájárult a diadalhoz, hiszen a Stade Rennes elleni elődöntőben duplázott, majd a fináléban is eredményes volt a Paris Saint-Germain ellen.
Pár hónappal később megint a Stade de France-ban léphetett pályára egy fináléban, hiszen akkor került sor a Konföderációs-kupa döntőjére, ahová (soraiban Cissével) a franciák is bejutottak. A támadó a kezdő tizenegyben szerepelt a Kamerun elleni meccsen, de gólt nem tudott szerezni. Ugyan továbbra is nagy volt az érdeklődés iránta külföldről, de még egy évig maradt Auxerre-ben, és ennek köszönhetően 2004-ben megint gólkirályi címet szerzett a Ligue 1-ben, ezúttal 26 góllal.
Ezt követően pedig már valóban klubot váltott, és nem okozott meglepetést, hogy a Liverpool FC vásárolta meg, hiszen a Vörösök már régóta szerették volna őt szerződtetni. Cissé debütálása remekül sikerült a liverpooli együttesben, hiszen rögtön az első mérkőzésén gólt szerzett a Tottenham Hotspur ellen, és tartósan ott volt a kezdő tizenegyben.
Egészen az október végén lejátszott, Blackburn Rovers elleni találkozóig, ahol Cissé rendkívül súlyosan megsérült: a jobb oldalon próbált elhúzni Lucas Neill mellett, és a védő belépője nyomán (amely egyáltalán nem volt durva) rosszul lépett - aminek következtében nyílt sípcsonttörést szenvedett.
A csatár perceken keresztül feküdt a gyepen óriási fájdalmak közepette, és mint később kiderült, ha a helyi orvosi stáb nem látta volna el szakszerűen már ott a sérülést, akkor könnyen lehet, hogy amputálni kellett volna a lábát! Szerencse volt a szerencsétlenségben, hogy Cissé jó kezekbe került, és még aznap meg is műtötték, azonban a legtöbben úgy vélték: leghamarabb csak a következő idényben léphet pályára.