Karrierje álomszerű rajtjának egy súlyos sérülés parancsolt megálljt, ami miatt 1997 őszén egyetlen találkozón sem léphetett pályára, és egy fél szezont ki kellett hagynia, ám felépülését követően ugyanott folytatta, ahol korábban abbahagyta, így aztán nem csak klubjában, hanem a válogatottban is visszaverekedte magát a kezdők közé.
1999 februárjában, a hongkongi Carlsberg-kupán Egyiptom ellen megszerezte első gólját a címeres mezben, és nem sokkal később közel került ahhoz, hogy megvalósítsa minden Atlas-szurkoló álmát, és bajnoki címre vezesse a klubot. Az egyesület, amelynek kispadján akkoriban az argentin Ricardo La Volpe ült, bejutott a pontvadászat fináléjába, és a Toluca elleni első találkozón Márquez is eredményes volt. Mivel a döntő mind a két találkozója döntetlenre végződött, így büntetőpárbajra került sor, amelyben a hátvéd értékesítette ugyan a maga tizenegyesét, de csapata végül vereséget szenvedett, és így csak ezüstérmes lett.
Márquez akkor még mindig elég fiatal volt ahhoz, hogy szerepeljen az 1999-es junior-világbajnokságon, amelyet Nigériában rendeztek, és itt is együttese vezéralakja volt. A csoportmérkőzések során előbb Írország ellen szerzett győztes találatot, majd pedig Ausztrália ellen is eredményes volt, és a címvédő argentinok ellen is remekül futballozott. A közép-amerikaiak ki is verték Argentínát, azonban Márquez az utolsó percben piros lapot kapott, és így nem léphetett pályára a Japán elleni negyeddöntőn. Nélküle pedig a mexikói védelem átjáróháznak bizonyult, és az El Tri kiesett. Szerencsére az eltiltása csak egyetlen mérkőzésre szólt, így aztán a nagyválogatott szakvezetője, Manuel Lapuente nyugodtan kivihette őt az 1999-es Copa Américára. A kontinensviadalon Márquez négy találkozón lépett pályára, közte a Chile elleni bronzmeccsen, és ez utóbbi sorsdöntőnek bizonyult.