Ilyen előzmények után nem csoda, hogy Márquez nagy várakozásokkal tekintett a 2006-os világbajnokság elé. Mexikó a csoportjából simán tovább is jutott, azonban a nyolcaddöntőben a vébé egyik favoritjával, Argentínával került össze. A közép-amerikaiak remekül kezdték a találkozót, és már az ötödik percben megszerezték a vezetést - mégpedig Márquez fejesgóljával. Argentína azonban egyenlíteni tudott, és a hosszabbítás során Maxi Rodríguez emlékezetes bombagóljával a győzelmet is megszerezte, így Márquezék sorozatban másodszor estek ki már a legjobb 16 között a világbajnokságon.
A tornát követően 2010-ig meghosszabbította szerződését a Barcelonánál, de állandóan visszatérő kisebb sérülései miatt nem tudott olyan kiemelkedő teljesítményt nyújtani. A 2006-2007-es idényben mindössze 21 bajnokin szerepelt, és tavaly nyáron közel állt ahhoz, hogy távozzon a katalánoktól: eladásának lehetősége akkor merült fel, amikor a klub leigazolta Gabriel Militót.
Több olasz klub és az Atlético Madrid is csábította, de végül maradt a Camp Nouban, és az előző idényben már valamivel jobban játszott - már amikor a pályán volt, mert sérülései miatt megint csak 23 bajnokin szerepelt. Idén nyáron megint vitték volna külföldre (állítólag az AC Milan szerette volna leigazolni), de a Barca új mestere, Josep Guardiola kijelentette, hogy igényt tart rá. Ennek megfelelően az új szezonban többnyire ő játszik a védelem tengelyében Carles Puyol mellett, s Atlético Madrid elleni Barcelona-parádéban a gólok sorát is ő nyitotta. Persze egy olyan focistától, akit egy időben "mexikói császárnak" is neveztek Franz Beckenbauer nyomán, ez nem is meglepő.