A korosztályos válogatottakban nyújtott kiváló játéka ellenére klubjában még nem mutatkozhatott be a felnőttek között - mindez azonban egyáltalán nem zavarta a nagyválogatott szövetségi kapitányát, Marcelo Bielsát abban, hogy meghívót küldjön Mascheranónak.
Az argentinok 2003 júliusában Uruguay ellen játszottak barátságos mérkőzést, és a meccsen elsősorban az otthon szereplő focisták kaptak lehetőséget - köztük Javier is, aki végigjátszotta a találkozót. Így aztán azt az egyedülálló bravúrt hajtotta végre, hogy előbb debütált a címeres mezben, mint hazája élvonalában!
Persze az utóbbi sem váratott már sokat magára, hiszen a liga első fordulójában, a Nueva Chicago ellen már ott volt a csapatban - és a folytatásban alapembernek számított a Riverben.
A klub az aperturában még nem szerepelt valami jól, amihez sokak szerint az is hozzájárult, hogy Mascherano az U20-as világbajnokság miatt több mérkőzésről is hiányzott. A középpályás ezen a korosztályos vébén is "csak" negyedik lett a csapattal, ami argentin szinten nem számít kiemelkedő eredménynek, de az ő teljesítményére nem lehetett panasz.
A 2004-es clausurában aztán a Riverrel végre sikerült feljutnia a csúcsra, hiszen aranyérmet nyert a gárda, miközben a Libertadores-kupában egészen az elődöntőig jutott. Természetesen a válogatottban is rendszeresen helyen kapott, szerepelt a 2004-es Copa Américán is, ahol az argentinok ezüstérmet szereztek - Mascheranót pedig csapattársai a gárda legjobbjának választották meg!