A középpályás vételára a hírek szerint 15 millió dollár volt, azonban a transzfer nem bizonyult túl szerencsésnek. Mascherano ugyanis mindössze nyolc bajnokin lépett pályára az év hátralévő részében, majd lábközépcsont-törést szenvedett, és így hónapokat kellett kihagynia.
A Corinthians a bajnoki címet azért megnyerte, és így Javier trófeagyűjteménye tovább gyarapodott, azonban a nagy cél, a Libertadores-kupa megnyerése megint nem jött össze. A 2006-os kiírásban a brazil egyesület a csoportmérkőzéseken ugyan simán túljutott, a második fordulóban azonban kettős vereséggel esett ki - éppen Mascherano korábbi klubja, a River Plate ellen!
A két argentin brazíliai szereplése akkor már korántsem számított olyan pozitívnak, de a válogatottbeli szereplést ez egyáltalán nem hátráltatta a középpályás számára.
Mascherano ugyanis tagja volt az argentin válogatott világbajnoki keretének, sőt, a védekező középpályás kifejezetten alapembernek számított az albicelestében, elvégre mindegyik mérkőzésen végig a pályán volt, amit rajta kívül csak a középhátvéd és egyben csapatkapitány Roberto Ayala mondhatott el magáról.
A vébét követően Tévez és Mascherano egyaránt visszatértek klubjukhoz, a brazil Corinthianshoz, és egészen augusztus közepéig rendre pályára is léptek, azonban a hónap végén váratlanul kikerültek a keretből. Ekkor már egyre több pletyka szólt arról, hogy alighanem Európában kötnek majd ki, de valószínűleg szinte senki sem gondolta, hogy mindkettejük új klubja az angol West Ham United lesz.