Egy mérkőzésre szóló eltiltást kapott José Mourinho még a Porto edzőjeként 2003 áprilisában. Az UEFA-kupa elődöntőjének első mérkőzésén a Lazio ellen az olaszok argentin játékosa, Lucas Castroman gyorsan szeretett volna elvégezni egy bedobást, amivel helyzetbe került volna a csapat, ezt észrevette Mourinho, kiszaladt a saját technikai zónájából, pont Castroman elé, megakadályozva ezzel a gyors támadásindítást.
A Porto 4-1-re nyert, majd a 0-0-s visszavágónak köszönhetően bejutott a fináléba, ahol legyőzte a Celticet is.
Már a Chelsea edzőjeként 2005 februárjában a Barcelona elleni BL-nyolcaddöntő első mérkőzése után Mourinho azt kifogásolta, hogy Frank Rijkaard, a katalánok szakvezetője a szünetben Andres Frisk bíróval váltott pár szót, és bement vele a játékvezetők öltözőjébe.
A Chelsea szerint ez rendkívül súlyos szabálytalanságnak számított, ezért Mourinho - tettével szintén szabályt szegve - nem jelent meg a mérkőzés utáni sajtótájékoztatón, két meccset kapott a történtekért.
Három mérkőzésre tiltották el 2010 februárjában az akkor már az Internazionale csapatát irányító trénert. A Sampdoria elleni olasz bajnoki 0-0-s döntetlennel zárult, ezzel a Roma visszaszállt a scudettóért folyó harcba a listavezető Interrel szemben.
A Sampdoria ellen Walter Samuelt és Ivan Cordobát is kiállították az Interből, majd műesésért Eto'o kapott egy sárga lapot, az indoklás szerint Mourinho sportszerűtlenül reagált a történtekre, gúnyosan kinevette és bilincsbe zárt kezeket imitálva megsértette a játékvezetőt.
A Real Madridnál is kapott már büntetést a mostani, ötmeccses eltiltása előtt, mindkettőt tavaly novemberben. Előbb a Murcia elleni kupameccsen trágár szavakkal illette Jose Luis Parades Romero játékvezetőt, aki a lelátóra is küldte őt, két meccset kapott érte a portugál szakember. Ez után jött az emlékezetes, Ajax elleni BL-meccs, ahol Mourinho utasítására Sergio Ramos és Xabi Alonso is szándékosan kiállíttatta magát, hogy a már tét nélküli utolsó csoportmeccsen letöltsék eltiltásukat. Mourinho ezért kétmeccses büntetést kapott, amelyet egy találkozóra felfüggesztettek.