Botka Endre 2017 januárjában szerződött a Budapest Honvéd együttesétől a Ferencvároshoz. A 2016/17-es tavaszi szezon második felében többségében kezdőként lépett pályára, a következő idényben pedig harmincszor játszott zöld-fehér színekben, 28-szor pedig már a kezdő sípszónál a pályán volt. A Magyar Kupa 2017/18-es kiírásában első fradista gólját is megszerezte a Dunaharaszti ellen.
A védelem szinte bármely posztján bevethető játékos az előző szezonban bajnoki címet ünneplő csapatban 14-szer lépett pályára, a mostani idényben eddig kilencszer számított rá kezdőként Szergej Rebrov. Botka az Európa-liga csoportkörében hat meccsből négyszer is a kezdő tizenegy tagja volt, a magyar válogatott bő keretében többször is bizalmat szavaztak neki, eddig kétszer léphetett pályára címeres mezben.