Az első két körben az élvonalbeli és a másodosztályú csapatok még nem voltak érintettek, ezúttal azonban már ők is bekapcsolódnak a küzdelmekbe.
Az M4 Sporton közvetített hétfői sorsoláson az NB I-es csapatok kiemeltek voltak, így nem kerülhettek össze egymással.
Az egyik legpikánsabb párosítás az NB III-as Szentlőrinc SE és a másodosztályú BVSC-Zugló találkozója lesz, ugyanis az előző szezon végén az osztályozón éppen a fővárosiak búcsúztatták a másodosztálytól a baranyaiakat.
MOL Magyar Kupa, a 3. forduló párosításai:
III. Kerületi TVE (NB III) – Diósgyőr (NB I)
ESMTK (NB III) – Fehérvár (NB I)
Soroksár (NB II) – Kecskemét ((NB I)
Cigánd (NB III) – Zalaegerszeg (NB I)
Gesztely (Borsod-Abaúj-Zemplén, megye I) – MTK (NB I)
Pécsi MFC (NB II) – Újpest (NB I)
Nagyecsed (Szabolcs-Szatmár-Bereg, megye I) – Ferencváros (NB I)
Ajka (NB II) – Mezőkövesd (NB I)
Mosonmagyaróvár (NB II) – Puskás Akadémia (NB I)
BKV Előre (NB III) – Paks (NB I)
Pilis (Pest, megye I) – Kisvárda (NB I)
Eger (NB III) – Debrecen (NB I)
Budaörs (NB III) – Siófok (NB II)
Dorog (NB III) – Budapest Honvéd (NB II)
Baja (Bács-Kiskun, megye I) – Szeged Grosics Akaémia (NB II)
Gödöllő (Pest, megye I) – Dunaföldvár (NB III)
Körösladány (NB III) – Gyirmót (NB II)
Zsámbék (Pest, megye I) – ETO FC Győr (NB II)
Szentlőrinc (NB III) – BVSC (NB II)
Unione (Budapest, megye I) – Csepel UFC (Budapest, megye I)
Tiszaújváros (NB III) – Nyíregyháza (NB II)
Putnok (NB III) – Budafok (NB II)
Haladás (NB II) – Csákvár (NB II)
DEAC (NB III) – Kozármisleny (NB II)
Tatabánya (NB III) – Haladás VSE (NB III)
Bicske (NB III) – Tiszakécske (NB II)
Mezőörs (Győr-Moson-Sopron, megye I) – Nagykanizsa (NB III)
Békéscsaba (NB III) – Kazincbarcika (NB II)
Veszprém (NB III) – Komárom (NB III)
Dunaharaszti (Pest, megye I) – Vasas (NB II)
PEAC (NB III) – Kaposvár (NB III)
Kelen SC (NB III) – Bonyhád-Majos (NB III)
A párharcok egy mérkőzésen dőlnek el, amelyen minden esetben az alacsonyabban rangsorolt együttes a pályaválasztó. A forduló hivatalos játéknapja szeptember 16.