A Magyarországon is népszerű okostelefonos chatszolgáltatást használók közül egyelőre csak az androidos appot használók üzeneteit titkosítja a rendszer. A WhatsApp egyébként többek közt iOS-re, Blackberryre és Windows Phone-ra is elérhető.
A WhatsApp szerint a titkosítás automatikus alkalmazása jelentősen megnehezíti a felhasználók közötti üzenetek lehallgatását. Ez egyébként több módon is lehetséges: a lehallgatás az adatforgalom elemzése esetén védi meg az üzeneteket, de ha például kémprogram van a telefonon, az ellen nem nyújt védelmet.
Az üzenőprogramba a TextSecure nevű titkosítási megoldást építették be. Ennek fejlesztői kiemelték, hogy a WhatsApp esetében nem csak a küldő és a szolgáltatás szerverei között utazik titkosítva az üzenet, az egészen a címzett készülékéig kódolt formában utazik a neten. Később az Androidon kívül a többi platformon is elérhető lesz a titkosítás, de az új funkció bevezetésének időpontja ezek esetében még nem ismert.