A borneói elefántok eltérő jegyekkel rendelkeznek, mint az Ázsiában és Szumátrán élő rokonaik; ezeket a különbségeket már korábban is felismerték a tudósok. A felfedezéshez - mely szerint külön alfajról van szó - az a régóta húzódó vita vezetett, amely azt hivatott kideríteni, hogy a borneói elefánt vajon őshonos-e a szigeten, vagy csak a XVII. században telepítették be. Az eltérő szakmai nézetek és a külső-belső tulajdonságok közötti különbségek végül DNS-vizsgálatokhoz vezettek, amelyek igazolták: a Borneó szigetén élő elefántok őshonosak, sőt, az indiai elefánt külön alfajába tartoznak.
A borneói törpe elefántok körülbelül 300 000 évvel ezelőtt váltak el a többi, Ázsiában élő alfajtól. Azóta az elkülönült törzsfejlődés során kisebb termetűvé váltak, nagyobb a fülük, hosszabb a farkuk és viszonylag egyenes az agyaruk. Szelídebbek és barátságosabbak, mint ázsiai rokonaik.
"A genetikai különbözőség miatt a borneói törpe elefánt állomány óriási jelentőségű, és az alfaj védelmét teljesen külön kell megszervezni. Ennek érdekében szükséges, hogy a jövőben tanulmányozzuk a szaporodásuk jellemzőit, a fiatalok túlélési arányát és a beltenyészet hatásait" - ismertette Tengku Zainal Adlin, a WWF Malajzia elnöke.