A színképekben a színek azonban nem teljesen folyamatosak, egyes szakaszoknál sötét hézagok vannak. Ezek azon hullámhosszaknál mutatkoznak, amelyeket egy-egy atom, illetve annak a megfelelő elektronjai elnyelnek. Az ilyen elnyelési (vagy abszorpciós) színképvonalak az ujjlenyomatokhoz hasonlóan árulkodnak az elnyelő anyag jellemzőiről.
A Nap felszínének, tehát a fotoszférának a színképe (spektruma) a felszínen, illetve a felette található gázanyagról hordoz információt. Arról van szó tehát, hogy a felénk induló napsugárzás egyes hullámhosszai még a Nap saját anyagában elnyelődnek, ezeken a helyeken látjuk a sötét elnyelési vonalakat. Mivel ezek egy adott kémiai elemre jellemzők, azonosíthatjuk a Nap (illetve ilyen módszerrel más égitestek) anyagi összetételét. Ezzel a módszerrel fedezték fel például 1870-ben a héliumot is, amelyet később a Földön is megtaláltak.
Az alábbi színképfelvételt a McMath-Pierce Solar Obszervatóriumból készítették, amely a teljes látható tartományt lefedi, a vöröstől (fent) az ibolyáig (lent).
A Nap színképe a látható tartományban, sorokra törve. A sötét vonalaknak megfelelő hullámhosszú sugárzást egyes elemek nyelték el. A kép nagyméretű változatának letöltése (Nigel Sharp (NSF), FTS, NSO, KPNO, AURA, NSF)