Horthy Miklós és Adolf Hitler találkozója 1944. március 18-án este Klessheimben úgy ért véget, hogy a kormányzó beleegyezett Magyarország megszállásába, és elhatározta, nem mond le kormányzói tisztségéről. A németek taktikázása miatt a magyar állam Budapesten maradt vezetői egészen március 19-én hajnalig semmit nem tudtak a tárgyalások végkifejletéről, így a német megszállás összességében váratlanul érte az országot.
Március 19-én kora hajnalban Keresztes-Fischer Ferenc belügyminiszter azzal a hírrel ébresztette Kállay Miklós miniszterelnököt, hogy német katonavonatok rakodnak le több jelentős magyar vasútállomáson. A MÁV hálózatán és katonai csatornákon az eseményeket már késő este óta aggodalommal követő belügyminiszter beszámolójából ijesztő kép bontakozott ki: a Hegyeshalom-Bicske vasútvonalon például 10-12 német katonai szerelvény mozgását rögzítették. Északi és déli irányból hasonló jelentéseket kapott a kormány, több, Budapest felé közeledő német hadoszlopról érkeztek hírek.
A miniszterelnök azonnal az országban maradt katonai vezetők összehívását kezdeményezte. A Klessheimben tartózkodó Szombathelyi Ferenc vezérkari főnök helyettesét, Bajnóczy József vezérezredest csak több óra alatt tudták előkeríteni, a szintén Klessheimben tartózkodó honvédelmi miniszter helyettese, a dunántúli hadosztályok parancsnokai és egyéb katonai vezetők hamarabb megérkeztek. A miniszterelnökségen folytatott tanácskozáson Kállay miniszterelnök elsősorban azt akarta megtudni, van-e bármilyen lehetőség az ellenállásra.
Az egybegyűlt magyar vezetők számára nem állt rendelkezésre elegendő információ a helyzet egyértelmű megítélésére. A kérdőre vont német katonai attasé – noha pontosan tudta, mi történik – csak virradatkor adott egyértelmű választ a föltett kérdésre, addig csupán a Horthy hazatérő vonatáról küldött két távirat állt a magyar vezetők rendelkezésére. Az egyiket Szombathelyi Ferenc vezérkari főnök küldte Horthy beleegyezésével a vonatról, amelyben megtiltotta az ellenállást, a másik pedig Ghyczy Jenő külügyminiszter üzenete volt: „Közöljék feleségemmel, hogy jól vagyok” – hangzott az üzenet, ami az elutazás előtt kialakított kód szerint a megszállást jelentette.
Az egybegyűlt tábornokok egyértelműben arról tájékoztatták Kállayt, hogy az ellenállás katonailag lehetetlen, hiszen a csapatok szétszórtak, és nincsenek fölkészítve ellenállásra. A tábornokok nagy része azt is kinyilvánította, hogy a miniszterelnöknek alkotmányosan nincs joga utasítani a hadsereget, úgyhogy ellenállásra utasító parancsot nem is továbbítanának, ráadásul a vezérkari főnök távirata egyértelmű volt. Minden további döntéssel meg kell várni a kormányzót, fogalmazódott meg az általános vélemény. Kállay miniszterelnök egyéb gondolatai – bevetni a rendőrséget, fölfegyverezni a polgári lakosságot, áttelepíteni a kormányt a Dunántúlra – első pillantásra is irreálisnak tűntek. Ennek megfelelően a miniszterelnök úgy döntött, hogy nem kísérelnek meg ellenállást. Utasítást adott, hogy tájékoztassák a követségeket, a minisztériumok semmisítsék meg a kompromittáló iratokat, és figyelmeztessék azokat a közéleti személyiségeket, akiket a németek várhatóan le akarnak tartóztatni.
Horthy Miklós kormányzó vonata március 18-án este 9 óra után indult útnak Budapestre. A vonatot a németek menet közben többször félreállították, hogy mire a kormányzó Budapestre érkezik, az ország megszállása befejezett tény legyen. Amikor a vonat hajnali ¾ 3-kor Linzbe ért, Jagow budapesti német követ jelentkezett be Horthynál, hogy tájékoztassa a kormányzót a leváltásáról. Ez után a már Klessheim óta a vonaton tartózkodó Edmund Veesenmayer mutatkozott be Horthynak: a magyar megszállás tervének kidolgozásában nagy szerepet játszó új német követ a „teljhatalmú megbízott” címet is viselte. Ez azt jelentette, hogy a katonai kérdéseket leszámítva az új követnek döntő szerepe volt minden magyar ügyben. Horthy a Gestapo főnökével is találkozhatott ezen a baljóslatú hajnalon.
Miközben lassan hazafelé döcögött a kormányzó vonata, a német alakulatok gyorsan bevonultak az országba. A keleti frontra átutazónak álcázott német katonai alakulatok a fontosabb városokban lerakodtak, és megkezdték a stratégiai pontok elfoglalását, hozzájuk csatlakoztak az északról, délről és nyugatról érkező egyéb német alakulatok. Hajnalban elérték Budapestet, virradatkor pedig ejtőernyősök szállták meg a repülőtereket. Mire vasárnap hajnalban a budapestiek fölébredtek, a város fölött már a németek rendelkeztek. Kora délelőttre a német megszállás befejezett tény volt: a vezérkari főnök a kormányzó egyetértésével kiadott parancsa értelmében a laktanyában maradó magyar csapatok nem fejtettek ki ellenállást. Ellenállásra csak szórványosan került sor: az újvidéki hídnál alakult ki például tűzharc a németek és a magyarok között.
A németek azonnal munkához láttak. A más országok megszállásakor jól bevált módszereikhez és előkészített terveikhez folyamodtak: a Gestapo hosszú listával érkezett a letartóztatandó személyekről, akiket még délelőtt őrizetbe vettek. Közöttük ellenzéki képviselők, németellenes közéleti személyiségek, zsidó vezetők voltak. Heinrich Himmler, a biztonsági erők birodalmi vezetője kevesellte a letartóztatottak számát, így végül a budapesti telefonkönyvből találomra kiválasztva tartóztattak le 200 ügyvédet és orvost, akiket a nevük alapján zsidónak véltek.
Bethlen István volt miniszterelnököt Kállay Miklós irodájából kívánták elhurcolni, ám Kállay erélyes fellépése miatt erre nem kerülhetett sor. Bethlen így el tudott menekülni, és a német megszállás hónapjaiban Erdélyben bujkált. Délelőtt megszállták a kritikus napokban információ híján csak komolyzenét sugárzó Magyar Rádiót is, ahol bemutatták a rádió vezetőinek azt a korábban Magyarországon tevékenykedő Franz Schaubot, aki a továbbiakban „tanácsokkal fog szolgálni a rádióműsorok összeállításánál”. Első „tanácsa” az volt, hogy őrszemet állíttatott minden mikrofonálláshoz.
A késő délelőtt Budapestre megérkező kormányzót kész helyzet fogadta, a megszállás lényegében befejeződött. Nem sokkal dél után a budai várban koronatanács – az államfő részvételével megtartott kormányülés – kezdődött, ahol Horthy részletesen beszámolt a Klessheimben történtekről. A beszámoló után Kállay Miklós és kormánya azonnali hatállyal lemondott. A lemondás szövegét a miniszterelnökségen gyorsan megszövegezték, és azonnal érvénybe lépett. Kállay azt is visszautasította, hogy az alkotmányos szokásoknak megfelelően az új kormány megalakulásáig ügyvezetőként továbbvigye az ügyeket. Az ország tehát végképp kormány nélkül maradt.
Eközben az Uri utcában, a német követségen Veesenmayer új német követnél a különböző, egymással is erősen rivalizáló németbarát politikai erők gyülekeztek. A legjelentősebb erő a főként Ribbentrop külügyminiszter által támogatott Imrédy Béla mozgalma, a Magyar Megújulás Pártja volt, de jelen voltak a Himmler SS-vezető által támogatott Nemzetiszocialista Párt és az addigi kormánypárt, a Magyar Élet Pártja jobbszárnyának vezetői is. Szálasi Ferencet és a nyilaskereszteseket ekkor még nem hívták meg a tárgyalásokra, a nyilasok az október 15-i hatalomátvétel után kerültek csak kormányra.
Veesenmayer március 20-án újra találkozott Horthyval, és a tisztséget korábban már betöltő Imrédy Béla kinevezését javasolta miniszterelnöknek. Horthy mereven elzárkózott Imrédy kinevezésétől, akinek bukására 1939-ben az szolgáltatott ürügyet, amikor a lapok zsidó származásáról kezdtek cikkezni. A kormányzó szakértőkből álló hivatalnokkormány kinevezését javasolta a német követnek. Horthy eközben többféle tanácsot is kapott: március 19-én még Bethlen Istvánnal is tanácskozott, aki azt javasolta neki, hogy egyáltalán ne nevezzen ki kormányt, és vonuljon vissza az államügyek intézésétől, ezzel nyilvánítva ki az ország szuverenitásának elvesztését. Kállay is hasonló tanácsot adott, mielőtt a Gestapo elől a török követségre menekült volna.
Horthy azonban úgy döntött, hogy – a nagyobb rossz elkerülése végett – enged a németeknek, és kinevezi az új kormányt. Imrédy Béla kinevezését viszont még akkor is visszautasította, amikor a németek nyíltan fenyegetőzni kezdtek. Március 21-én ultimátumot adtak, hogy ha 36 órán belül nem jön létre a nekik megfelelő új kormány, újabb katonai akciókra kell számítani. A Horthy, Veesenmayer és a németbarát erők részvételével folytatott tárgyalások eredményeként végül az utolsó pillanatban, március 23-án hajnalban sikerült kompromisszumot kötni.
Miniszterelnöknek a németbarátságáról ismert korábbi berlini követet, Sztójay Dömét nevezték ki. Horthy nem tartotta sokra Sztójayt, ám hitt abban, hogy a volt katona Sztójay feltétlenül engedelmeskedni fog neki. Veesenmayer sem volt elégedett Sztójayval, hiszen ő ismertebb politikust szeretett volna miniszterelnöknek. Átmeneti megoldásnak azonban kénytelen volt elfogadni Sztójayt, hiszen szüksége volt a kormányzó együttműködésére.
A kormányba bevonták a Magyar Élet Pártja jobboldali, németbarát szárnyának képviselőit, a Nemzetiszocialista Pártot és Imrédy Béla mozgalmát is, vagyis egyfajta – nyilasok nélküli – szélsőjobboldali koalíció alakult. A folytonosságot az jelentette, hogy a Kállay-kormány néhány minisztere, köztük a németbarát Reményi-Schneller Lajos pénzügyminiszter és Horthy bizalmi embere, Csatay Lajos hadügyminiszter megőrizhette pozícióját, a kormány legtöbb tagja pedig már rendelkezett kormányzati tapasztalattal. Az új kormány március 22-én alakult meg, az ország népe pedig március 23-án értesülhetett először hivatalos forrásból a bekövetkezett fordulatról.
A németek tehát elérték céljukat: a megszállással olyan kormány alakult, amelyik a Harmadik Birodalom minden igényét kiszolgálta. Mindez ráadásul a németek forgatókönyve szerint történt: Horthy Miklós kormányzó megmaradt hivatalában, ő nevezte ki az új kormányt, így a folytonosság és a törvényesség látszata biztosítva volt. A németek március végére azt is eldöntötték, hogy a magyar hadsereget nem fegyverzik le, hanem a német alakulatok alá rendelve fokozott mértékben veszik igénybe a keleti fronton. Április végén a német hadvezetés úgy értékelte, hogy a Magyarország megszállására kidolgozott Margarethe-tervet eredményesen végrehajtották.