A miocén-időszak (23 millió évtől 5,3 millió évig) beköszöntése forradalmi változásokat hozott a Kárpát-medence történetében. Az egykor oly hatalmas egyenlítői óceán, a Tethys, a miocén elejére nagyjából a mai Földközi-tenger területére szorult vissza, bár délkeleti irányban még összeköttetésben állt az Indiai-óceánnal.
Ekkor vette fel a ma is ismert alakját a Kárpát-medence.
Az alpi hegységképződés miatt már korábban, az oligocén időszak elején kialakult az a Bajorország területétől a Himalájáig terjedő hatalmas belső tengerág, a Paratethys, amelynek hazánk területe is a része volt. A korai miocén úgynevezett ottnangi korában átmenetileg megszűnt a Kárpát-medencét elborító sekélytenger és a világóceán közötti kapcsolat.
Az elzáródást a sótartalom változására érzékeny tengeri állatcsoportok, így többek között a tüskésbőrűek (például a tengeri csillagok és tengeri sünök) vagy a miocén elején (az úgynevezett eggenburgi korban) a Kárpát-medencét elborító tengerben még igen gazdag populációt alkotó cápák ideiglenes eltűnése bizonyítja.
Nagyjából 16 millió éve, a bádeni kor beköszöntésével azonban
helyreállt az összeköttetés a világtengerrel, egyben szárazabbá és forróbbá vált az éghajlat.
Átmenetileg ismét trópusi, szubtrópusi viszonyok jellemezték a Kárpát-medencét.
A tengervíz felmelegedését többek között a korallzátonyok, valamint a trópusi tengeri faunaelemek megjelenése bizonyítja.
Varázslatos képet nyújthatott az akkori táj;
a Dunántúlon a mai indonéz szigetvilágot idéző sekélytenger hullámzott,
a Börzsöny és a Mátra vonalában vulkáni szigetív húzódott, amelyhez korallzátonyok és színpompás lagúnák kapcsolódtak, az Alföld területén pedig sirályok röptét és a delfinek ugrását visszatükröző nyílttenger hullámzott.
A bádeni korban lerakódott tengeri üledékekben szép számmal találhatók cápafogak. A bádeni volt az a korszak, (16,5 és 13 millió év között) amikor utoljára éltek tengeri nagyragadozók a mai Magyarország területén.
A bádeni emeletet jellemző, szubtrópusi sekélytengeri körülmények között képződött zátonyeredetű lajtamészkő
megőrizte az egykori élővilág maradványait is.
Sopronkőhidán, valamint a Bakonyban Várpalota, a Mecsekben pedig Hidas környékén találhatók a bádeni kor különösen szép feltárásai csakúgy, mint például Mátraszőlősön.
A kőzetekből előkerült cápafogak egykori gazdái között több olyan nemzetséget találunk, melynek képviselői ma is nagy egyedszámban népesítik be a trópusi indo-pacifikus régió vizeit.
A Bádeni-tengerben nem ment ritkaságszámba a tigriscápa (Galocerdo aduncus) amely a mai, igen rosszhírű rokonának (Galeocerdo cuvieri) a közvetlen „kuzinja".
A Börzsöny tövében, illetve Visegrád és Szob területén húzódó korallzátonyok lakója volt többek között a mai szürke szirticápák (Carcharhinus amblyrhincos) közeli rokona, a Carcharhinus priscus, illetve a kihalt csoportot alkotó másik szirtcápa-féle, a Hemipristis serratus is.
A zátonyok leszakadásán túli nyílt vizekben vadászott az ugyancsak kihalt szélesfogú makócápa (Isurus hastalis), amely jelenkori rokonánál, a röviduszonyú makónál (Isurus oxyrinchus) sokkal méretesebb és robosztusabb, napjaink nagy fehér cápájára hasonlító ragadozó volt.
A nyílt vizekben cirkált a felszín alatt a ma is élő sima pörölycápa (Sphyrna zygena), valamint az ugyancsak recens csipkésfejű pörölycápa (Sphyrna lewini). Ahhoz, hogy az utóbbi trópusi fajt lássuk manapság, minimum a Vörös-tengerig kell elutaznunk.
A Bádeni-tengerben szép számmal akadtak különböző fogascetek, delfinfélék is. Még a nagytestű miocén kori cetekre is halálos veszélyt jelentett a világtenger valaha létezett leghatalmasabb húsevő cápája, a Carcharocles megalodon,
amely egyáltalán nem volt ritka vendég
a Kárpát-medencét elborító Bádeni-tengerben sem.
A C. megalodon olykor felnőtt tenyérnyi fogai Magyarországról is előkerültek, többek között Mátraszőlősről, valamint különösen szép példányok a Pécshez közeli Danitz-puszta homokbányájából.
Tizenhárom millió éve a Paratethys végleg elzáródott a világóceántól.
A hatalmas beltengernek, amely a miocén időszak végére több részmedencére darabolódott, gyorsan kiédesedett a vize. Az óceáni sótartalomhoz szokott, és a sótartalom változásra érzékeny úgynevezett sztenohalin szervezetek, köztük a telepes zátonyépítő kőkorallok, tüskésbőrűek és fejlábúak hamar eltűntek a bezáródó tengerből csakúgy, mint a gazdag cápapopuláció.
A miocén végén felerősödő klímaromlás – amely már a későbbi, pleisztocén nagy eljegesedésnek volt az előhírnöke – egyszer és mindenkorra véget vetett a Kárpát-medencei trópusi tengeri idillnek.